结论：扣除绩效能否因不同的事扣两次，这主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及具体的事实情况。一般情况下，如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了可以因不同事项重复扣除绩效，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司是可以这样做的。但如果规定不明确或存在违法情形，则公司不能随意重复扣除绩效。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 公司的规章制度和劳动合同是员工与公司之间权利义务关系的重要依据。如果其中明确规定了绩效扣除的具体情形和方式，包括是否可以因不同事项重复扣除，那么双方应遵守这些规定。
- 例如，如果劳动合同中约定“员工因违反公司规定或工作失误导致公司损失，公司有权根据损失情况扣除相应绩效，且同一事项导致的多次损失可重复扣除绩效”，那么在这种情况下，公司是可以因不同的事（即多次损失）扣两次绩效的。
法律法规的强制性规定：
- 尽管公司和员工可以在劳动合同和规章制度中约定绩效扣除的相关事宜，但这些约定不得违反法律法规的强制性规定。
- 例如，根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司不得随意克扣员工工资，包括绩效工资。如果公司的规章制度或劳动合同中的规定违反了这些法律法规，那么该规定是无效的，公司不能依据其重复扣除绩效。
具体事实情况的考量：
- 除了公司规章制度和劳动合同的约定以及法律法规的强制性规定外，具体的事实情况也是判断公司能否因不同的事扣两次绩效的重要因素。
- 例如，如果员工的一次失误导致了公司的一次损失，且该损失已经通过扣除绩效得到了补偿，那么公司通常不能再因该次失误导致的其他间接损失重复扣除绩效。但如果员工的不同失误分别导致了公司的不同损失，且这些损失之间没有直接关联，那么公司是可以分别扣除相应绩效的。
法律建议：
- 对于员工而言，应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于绩效扣除的具体规定。如果认为公司的扣除行为不合理或违法，可以向公司提出异议或寻求法律援助。
- 对于公司而言，应制定合法、合理、明确的规章制度和劳动合同条款，明确绩效扣除的具体情形和方式。同时，在扣除绩效时，应确保有充分的事实依据和法律依据，避免随意扣除或重复扣除绩效。
可能后果：
- 如果公司违反法律法规或劳动合同约定随意重复扣除绩效，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发被扣除的绩效工资并可能获得相应的赔偿。
- 如果员工对公司的绩效扣除行为有异议但未及时提出或处理不当，可能会导致自身权益受损且难以得到法律救济。因此，建议员工在遇到此类问题时及时咨询专业律师或寻求法律援助。