在挂靠合同无效的情况下，工程款发票的出具方需根据实际施工主体及法律规定综合判断，通常由实际施工方（挂靠方）或被挂靠方承担出具义务，具体分以下两种情形分析：

1. 若工程由挂靠方实际施工，发票应由挂靠方出具，但需通过被挂靠方“走账”

根据《民法典》第793条及建筑行业税务规范，挂靠合同虽无效，但工程经验收合格的，实际施工方（挂靠方）有权主张工程款。此时：

• 税务合规要求：工程款发票需与实际施工主体一致。若挂靠方具备独立纳税资格（如为一般纳税人或小规模纳税人），应由其直接向发包方开具发票；
  
• 资金流转限制：因挂靠关系中，发包方通常将工程款支付至被挂靠方账户（为规避税务风险或合同相对性），被挂靠方需在收到款项后，扣除管理费等费用后转付给挂靠方。此时，挂靠方仍需以自身名义开具发票给发包方，被挂靠方仅作为资金中转方，不承担发票出具义务；
  
• 例外情形：若挂靠方无开票资格（如为个人），则需由被挂靠方代开发票，但被挂靠方可依据《税收征收管理法》向挂靠方追偿税款及可能产生的罚款。
  

2. 若被挂靠方实际参与施工管理，发票可能由被挂靠方出具，但需举证实际投入

若被挂靠方不仅提供资质，还实际组织施工（如派遣管理人员、采购材料等），则可能被认定为“实际施工方”之一。此时：

• 发票出具主体：被挂靠方需以自身名义向发包方开具发票，因其直接承担了施工成本及税务责任；
  
• 挂靠方权利限制：挂靠方仅能主张其实际投入部分的工程款（如材料费、人工费），且需提供证据证明与被挂靠方的资金往来性质（如借款、合作分成等），否则可能被认定为“内部结算”，不影响发票出具主体。
  

实务建议

1. 优先协商解决：挂靠方与被挂靠方应明确约定发票出具方式及税款承担比例，避免纠纷；
   
2. 保留证据链：实际施工方需留存施工合同、材料采购单、付款凭证等，证明自身为实际施工主体；
   
3. 税务合规风险：若通过被挂靠方走账，需确保“三流一致”（合同流、资金流、发票流），否则可能被认定为“虚开发票”，面临税务处罚。
   

若您涉及具体案件，建议提供合同文本、施工记录等材料，我可进一步分析责任主体及风险点。