结论前置：在挂靠的建设工程施工合同被认定无效的情况下，工程款的承担需根据工程验收情况、双方过错程度等因素综合判断。以下是具体分析：
一、工程验收合格的情况
参照合同约定支付工程价款：
- 尽管挂靠合同无效，但根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，若建设工程经验收合格，承包人（即挂靠人）有权要求参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。这意味着，在工程验收合格的前提下，发包人通常需要按照合同约定的价款支付给承包人。
实际施工人的权益保护：
- 实际施工人（挂靠人）在完成工程并经验收合格后，其权益应得到保护。发包人不得以合同无效为由拒绝支付工程款，否则将损害实际施工人的合法权益。
二、工程验收不合格的情况
修复后验收合格的处理：
- 若工程初验不合格但经修复后验收合格，承包人应承担修复费用。之后，承包人仍可参照合同约定请求支付工程价款，但需扣除修复费用。即发包人需支付工程款，但承包人需自行承担修复成本。
修复后仍不合格的处理：
- 若修复后工程仍不合格，承包人无权请求折价补偿。此时，发包方可能只需按过错程度对承包人付出的成本进行折价补偿，甚至可能无需支付任何工程款。这意味着，在工程无法修复合格的情况下，承包人可能面临无法获得工程款的风险。
三、双方过错程度与损失赔偿
过错程度与责任划分：
- 合同无效后，双方应根据过错程度承担相应的损失赔偿责任。若因挂靠行为导致合同无效，挂靠人和被挂靠人均可能承担过错责任。赔偿范围可能涵盖直接损失（如材料费、工人工资）和间接损失（如预期利益）。法院会综合考虑双方过错、损失实际情况等因素来确定具体赔偿数额。
连带责任与追偿权：
- 挂靠人与被挂靠人需对发包方承担连带责任。当工程出现质量问题、工期延误等违约情形时，发包方有权要求任何一方承担全部责任。承担责任的一方在履行义务后，可根据内部约定向另一方追偿。这增加了挂靠人和被挂靠人的法律风险。
四、行政处罚与非法所得收缴
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，被挂靠企业允许他人以本企业名义承揽工程，将面临责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等处罚。这将对被挂靠企业的经营产生严重影响。
非法所得收缴：
- 法院有权收缴双方因履行挂靠合同的非法所得。对于挂靠人而言，其非法所得为扣除实际施工成本以外已实际取得的工程利润；对于被挂靠人而言，其收取的工程管理费应被收缴。这进一步削弱了挂靠行为的经济利益驱动。
五、建议与风险防范
避免挂靠行为：
- 建筑施工企业应严格遵守相关法律法规，避免挂靠等违法行为的发生。挂靠行为不仅可能导致合同无效、工程款无法获得等法律风险，还可能面临行政处罚和刑事法律风险。
加强合同审查与管理：
- 在未来的业务活动中，建筑施工企业应加强对合同合法性的审查和管理，建立完善的合同审核制度。同时，加强员工培训，提高法律意识，避免类似法律风险再次发生。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，双方应妥善保管与合同履行相关的所有文件、资料等证据材料。这些证据材料在后续争议解决中可能起到关键作用。
总结来说，挂靠的建设工程施工合同无效后，工程款的承担需根据工程验收情况、双方过错程度等因素综合判断。为避免法律风险和经济损失，建筑施工企业应严格遵守相关法律法规，加强合同审查与管理，并保留相关证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。