核心结论：在医疗期内因患甲型流感请假三天，工资扣除方式需结合医疗期规定、病假工资标准及地方性法规综合判断，具体分为以下两种情况：

1. 医疗期内的工资支付原则

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期内，企业需支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，如上海为100%，北京、广东为80%）。

关键点：

• 医疗期长度：根据工龄和在本单位工作年限，医疗期为3-24个月（例如：实际工作10年以下、本单位工作5年以下的，医疗期为3个月）。
• 工资基数：通常以劳动合同约定的工资为基准，但不得低于当地最低工资标准。

2. 请假三天的工资扣除方式

若三天在医疗期内，企业应按病假工资标准支付，而非全额扣除。具体分为两种情形：

情形一：地方性法规明确病假工资比例

• 示例：北京规定，医疗期内病假工资按本人工资的70%支付（但不得低于最低工资标准的80%）；上海则按100%支付（若连续工龄满8年）。
• 计算方式：
  日工资 = 月工资 ÷ 21.75（法定月计薪天数）
  病假工资 = 日工资 × 地方规定比例 × 请假天数
  （如北京：月工资6000元 → 日工资≈275.86元 → 病假工资=275.86×70%×3≈579.31元）

情形二：地方无明确比例，按最低工资标准兜底

• 若地方未规定具体比例，企业需确保病假工资不低于最低工资标准的80%。
  （如当地最低工资为2200元/月 → 病假工资每日至少≈80.92元 → 3天至少242.76元）

3. 企业违法扣除的救济途径

若企业未按上述标准支付工资，劳动者可：

1. 与企业协商：要求补发差额；
2. 向劳动监察部门投诉：通过12333热线或当地劳动局举报；
3. 申请劳动仲裁：主张工资差额及经济补偿（如企业恶意拖欠）。

4. 特殊情形提醒

• 医疗期与病假的区别：医疗期是法定保护期，病假是实际休息天数。若三天超过医疗期，企业可按事假处理（无工资）或依法解除合同。
• 证明材料：需提供医院出具的病假证明（如诊断书、病假条），否则企业可能按旷工处理。

建议：若您所在地区有特殊规定（如深圳、江苏等地对病假工资有更高要求），或企业规章制度与法律冲突，可进一步提供信息，我将为您细化分析。