得了甲流请假是否扣工资，需根据请假类型及单位规章制度综合判断，具体分析如下：

一、病假情形：依法享有医疗期，单位不得随意扣减工资

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者因患病或非因工负伤需停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予3个月到24个月的医疗期。在医疗期内：

1. 工资支付标准：单位应按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资，且不得低于本单位相同岗位最低档工资的70%或劳动合同约定工资的80%（二者取高）。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，则病假工资至少为1600元/月。
2. 单位义务：单位不得以“事假”处理病假，更不得因此扣减工资或解除劳动合同。若单位规章制度违反此规定，劳动者可主张权利。

二、事假情形：单位可自主决定是否扣减工资

若劳动者未提供医疗证明或单位未认可为病假，可能被认定为事假。此时：

1. 单位自主权：根据《工资支付暂行规定》，单位可通过规章制度规定事假期间工资扣减方式（如按日扣减、扣减比例等），但需符合民主程序（如经职工代表大会讨论）并公示。
2. 扣减限制：扣减金额不得超过劳动者当日或当月工资的20%，且扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若劳动者日工资为200元，单位最多可扣减40元/日。

三、特殊情形：未提供医疗证明或单位不认可病假

若劳动者未及时提交医疗机构出具的病假证明，或单位认为病情不严重（如普通感冒），可能拒绝按病假处理。此时：

1. 劳动者义务：需在合理期限内补交证明，否则可能承担不利后果。
2. 单位权利：可要求劳动者返岗工作，或按事假处理并扣减工资。但若劳动者实际病情符合病假条件，单位行为可能违法。

法律建议

1. 保留证据：及时就诊并保存病历、诊断证明、病假条等材料，作为主张病假工资的依据。
2. 核对制度：检查单位规章制度是否明确病假、事假工资支付标准，及是否经过民主程序公示。
3. 协商或投诉：若单位违法扣减工资，可先协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业法律意见。