结论：店长将溢价商品以标价卖出，是否构成职务侵占，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、职务侵占的构成要件
职务侵占罪，是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。其构成要件主要包括：
- 主体要件：行为人必须是公司、企业或者其他单位的工作人员。
- 主观要件：行为人必须具有非法占有的目的。
- 客观要件：行为人利用职务上的便利，实施了将本单位财物非法占为己有的行为。
- 客体要件：侵犯的是公司、企业或者其他单位的财产所有权。
二、店长行为的具体分析
若店长有非法占有目的：
- 如果店长在卖出溢价商品时，故意隐瞒溢价情况，将溢价部分非法占为己有，且数额较大，那么这种行为可能构成职务侵占。因为店长利用了职务上的便利（即作为店长的销售权限），实施了非法占有单位财物的行为。
若店长无非法占有目的：
- 如果店长在卖出溢价商品时，并未故意隐瞒溢价情况，而是由于疏忽或管理不善导致溢价部分未被单位收取，或者店长将溢价部分及时上交了单位，那么这种行为通常不构成职务侵占。因为店长没有非法占有的目的，也没有实施非法占有的行为。
其他考虑因素：
- 数额大小：职务侵占罪要求非法占有的财物数额较大。如果店长非法占有的溢价部分数额较小，可能不构成犯罪，但可能违反单位的规章制度或劳动合同。
- 单位规章制度：如果单位有明确的规章制度规定商品的销售价格和溢价处理方式，店长违反这些规定可能构成违规行为，但不一定构成职务侵占罪。
- 民事纠纷与刑事犯罪的界限：有时候，店长与单位之间可能因溢价部分的归属产生民事纠纷。在这种情况下，应首先通过民事途径解决纠纷，如协商、调解或诉讼等。只有当行为符合职务侵占罪的构成要件时，才应追究刑事责任。
三、法律建议
对于单位：
- 应建立健全的商品销售和溢价处理制度，明确溢价部分的归属和处理方式。
- 加强对店长的培训和管理，提高其法律意识和职业道德水平。
- 一旦发现店长有非法占有单位财物的行为，应及时收集证据并报警处理。
对于店长：
- 应严格遵守单位的规章制度和法律法规，不得利用职务上的便利非法占有单位财物。
- 如发现单位有违规行为或自己因疏忽导致溢价部分未被单位收取，应及时向单位报告并采取措施补救。
如有更多细节或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。