结论：公司扣押的1000元年终绩效，在您离职后是否发放，取决于公司规章制度、劳动合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度与劳动合同约定：
- 若规章制度或劳动合同中明确规定年终绩效的发放条件，且您符合发放条件：例如，规章制度中规定年终绩效在员工离职后仍按比例发放，或劳动合同中明确约定年终绩效为固定薪酬的一部分，不受离职影响，则公司应当发放这1000元年终绩效。
- 若规章制度或劳动合同中规定年终绩效的发放与员工在职状态挂钩：例如，规定年终绩效仅发放给在职员工，或离职员工不享受年终绩效，则公司可能有权不发放这1000元。但需注意，此类规定若显失公平或违反法律法规的强制性规定，可能被认定为无效。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。年终绩效作为劳动报酬的一部分，原则上应随工资一同发放，除非有合法合理的理由进行扣减。
- 若公司扣押年终绩效的行为缺乏合法依据：例如，未能在规章制度或劳动合同中明确约定，或约定违反法律法规的强制性规定，则公司应当发放这1000元年终绩效。您有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
实际操作建议：
- 与公司协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，了解公司扣押年终绩效的具体原因，并争取达成和解，要求公司发放应得的年终绩效。
- 收集证据：若协商无果，您需要收集相关证据，如劳动合同、规章制度、工资条、年终绩效发放记录等，以证明公司扣押年终绩效的行为缺乏合法依据。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在收集到充分证据后，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司发放年终绩效。若对劳动仲裁结果不满，您还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
特殊情况说明：若公司扣押年终绩效的行为涉及恶意拖欠工资或违反其他法律法规的强制性规定，您还可以向劳动监察部门投诉，要求公司承担相应的法律责任。
总结与建议：公司扣押的1000元年终绩效是否发放，需结合公司规章制度、劳动合同的具体约定以及相关法律法规的规定进行综合判断。建议您首先与公司进行协商，若协商无果，则收集相关证据并申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。