在履职答复中不认申请人的主要证据，这一行为本身并不直接等同于违反法定程序，但需结合具体情况判断其是否构成程序违法或影响实体权利。以下从不同角度进行分析：

1. 法定程序的核心要求
   法定程序通常指法律明确规定的行政或司法活动步骤、方式及时限，其核心在于保障当事人陈述、申辩、举证等权利。若答复中仅对证据真实性、关联性或合法性提出质疑（如认为证据来源不明、与案件无关），但未剥夺申请人补充证据或说明的机会，则一般不构成程序违法。
   例如：在工伤认定中，用人单位对劳动者提交的医疗证明提出异议，但行政机关仍允许双方补充证据或委托鉴定，此时程序合法。

2. 可能构成程序违法的情形

   • 完全忽视证据：若答复中未对申请人提交的主要证据进行任何分析或回应，且未说明理由，可能违反《行政诉讼法》第三十四条“被告对作出的行政行为负有举证责任”的规定，构成“证据失权”。
     
   • 剥夺举证权利：若答复以“证据无效”为由直接拒绝接收，且未告知申请人补正或复议途径，可能违反《行政许可法》第四十七条“申请人、利害关系人享有陈述、申辩权”的程序要求。
     
   • 违反证据规则：若答复中错误适用证据规则（如将本应由用人单位举证的情形转嫁给申请人），可能因程序瑕疵导致行政行为被撤销。

3. 实体权利与程序违法的关联
   即使答复未直接违反程序，若其不认可证据的理由缺乏法律依据（如错误解读《工伤保险条例》中“工作时间和工作场所”的认定标准），可能导致实体认定错误。此时，申请人可通过行政复议或诉讼主张程序与实体双重违法。
   法律依据：根据《行政诉讼法》第七十条，行政行为主要证据不足的，人民法院应判决撤销或部分撤销。

4. 实务建议

   • 对申请人：若认为答复违法，需在法定期限内（通常为60日）申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，并重点论证答复是否剥夺举证权利、是否错误适用法律。
     
   • 对行政机关：答复中应明确记载对证据的审查意见及法律依据，避免使用“不予认可”等模糊表述，必要时可委托第三方机构鉴定。

总结：不认可证据本身不必然违法，但需确保程序上保障了当事人的举证、质证权利，实体上依据充分。若您遇到具体案件，可进一步提供答复内容及证据清单，我将结合细节分析程序合法性及应对策略。