四个股东中其中三个签了合作协议，该协议的法律效力需分情况讨论：
协议内容合法且不违反公司章程：
- 如果合作协议的内容符合法律法规的规定，且没有违反公司章程中的相关规定，那么即使只有三个股东签署，该协议在签署的股东之间仍然是具有法律效力的。这意味着，签署协议的股东需要按照协议的约定履行各自的义务，并享有相应的权利。
协议内容涉及未签署股东的权利或义务：
- 如果合作协议的内容涉及到了未签署股东的权利或义务，比如关于公司决策、利润分配、股权转让等方面的规定，那么这些条款对于未签署的股东来说，通常是不具有法律约束力的。因为未签署的股东没有参与到协议的制定和签署过程中，他们不受该协议的约束。然而，如果未签署的股东事后以书面形式表示同意或追认该协议中的相关条款，那么这些条款对他们也将产生法律效力。
协议签署程序存在瑕疵：
- 如果合作协议的签署程序存在瑕疵，比如签署股东没有代表权、签署过程存在欺诈或胁迫等情形，那么该协议的法律效力可能会受到影响。在这种情况下，未签署的股东或其他相关方可以依法主张协议无效或撤销协议。
法律建议：
- 确保协议内容合法合规：在制定合作协议时，应确保协议内容符合法律法规和公司章程的规定，避免涉及违法或违规的条款。
- 明确协议签署范围：如果协议内容涉及所有股东的权利或义务，应尽可能让所有股东都参与签署，以确保协议的全面性和有效性。如果确实无法让所有股东签署，应在协议中明确说明未签署股东的权利和义务，并尽可能取得他们的书面同意或追认。
- 注意签署程序：在签署合作协议时，应确保签署程序合法合规，避免存在欺诈、胁迫等情形。同时，应保留好签署过程中的相关证据，以备不时之需。
可能后果：
- 如果合作协议在签署股东之间具有法律效力，但涉及未签署股东的权利或义务且未取得他们的同意或追认，那么可能会引发股东之间的纠纷和争议，甚至可能导致公司运营受到严重影响。
- 如果合作协议的签署程序存在瑕疵或内容违法违规，那么该协议可能会被依法宣告无效或被撤销，导致签署股东之间的权利和义务关系变得不确定和复杂。
因此，在制定和签署合作协议时，应谨慎对待每一个环节，确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。