针对您提出的“总公司起诉分公司欠款怎么办”这一问题，首先需要明确的是，在常规的法律关系中，通常是债权人（可能是个人或其他公司）起诉债务人（总公司或分公司）来追讨欠款，而您描述的情况是总公司起诉分公司欠款，这在实际操作中较为少见，因为分公司作为总公司的分支机构，其民事责任一般由总公司承担。不过，我们可以基于法律框架，给出一般性的处理建议和法律分析：
一、法律主体关系与诉讼主体资格
分公司的法律地位：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司的民事责任由总公司承担。
诉讼主体资格：
- 在常规的债权债务纠纷中，如果分公司欠款，债权人应以总公司为被告提起诉讼，因为分公司没有独立的财产和法律地位，无法独立承担民事责任。
- 若总公司起诉分公司欠款，这在法律上较为特殊，因为通常分公司不会独立对总公司产生债务（除非存在内部经济往来或特定合同关系）。
二、特殊情况下的处理
内部经济往来或合同关系：
- 如果总公司与分公司之间存在内部经济往来或特定合同关系，且分公司确实欠总公司款项，那么总公司可以依据相关合同或内部协议向分公司追讨。
- 在这种情况下，总公司应收集充分证据，如合同、交易单据、对账单等，以证明分公司欠款的事实。
法律程序：
- 总公司应撰写起诉状，明确诉讼请求、事实与理由，并附上相关证据材料。
- 向具有管辖权的人民法院提交起诉状及相关证据材料，通常是被告（分公司）住所地或合同履行地的人民法院。
- 遵循法院的诉讼程序，包括立案受理、答辩与证据交换、开庭审理等步骤。
三、实际操作建议
咨询专业律师：
- 在处理此类特殊法律关系时，建议总公司咨询专业律师，以获得详细的法律建议和指导。
- 律师可以帮助总公司分析法律关系、收集证据、撰写起诉状，并代表总公司参与诉讼。
考虑内部调解或仲裁：
- 如果总公司与分公司之间的纠纷可以通过内部调解或仲裁解决，那么这可能是一种更高效、更经济的解决方式。
- 内部调解或仲裁可以避免诉讼的繁琐和成本，同时维护总公司与分公司之间的良好关系。
注意法律程序与尊重：
- 在诉讼过程中，总公司应严格遵守法律程序，尊重法官和对方当事人，保持专业态度。
- 遵循法庭纪律，如实陈述，出示证据，进行辩论，以维护自身的合法权益。
四、总结与提醒
- 通常情况下，分公司不会独立对总公司产生债务，因此总公司起诉分公司欠款的情况较为特殊。
- 如果确实存在此类纠纷，总公司应收集充分证据，咨询专业律师，并遵循法律程序进行诉讼。
- 同时，总公司也可以考虑内部调解或仲裁等更高效、更经济的解决方式。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在处理此类纠纷时遇到任何具体问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师。