总公司起诉分公司负责人欠款，在法律上是存在合法性的可能性的，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律关系分析
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。但这并不意味着分公司负责人可以随意以分公司名义进行民事活动而不承担责任，特别是在涉及欠款等经济纠纷时。
分公司负责人的法律地位：
- 分公司负责人作为总公司的代表，在分公司经营范围内行使职权。但如果分公司负责人以个人名义或超越职权范围进行欠款行为，则可能构成个人债务或超越代理权的债务。
二、欠款合法性判断
如果欠款是分公司负责人以分公司名义，且在经营范围内所借：
- 这种情况下，欠款通常被视为分公司的债务，由总公司承担。但总公司有权根据内部管理规定或合同约定，向分公司负责人追偿因管理不善或违规操作造成的损失。若总公司选择直接起诉分公司负责人，需有充分证据证明负责人存在个人责任，如挪用资金、侵占公司财产等。
如果欠款是分公司负责人以个人名义所借：
- 这种情况下，欠款被视为分公司负责人的个人债务，与总公司无关。总公司无权直接起诉分公司负责人要求偿还该笔欠款，除非能证明该笔欠款与分公司业务有关且负责人存在欺诈等违法行为。
如果欠款行为超出分公司经营范围或负责人超越代理权：
- 这种情况下，欠款行为可能被视为无效或可撤销，总公司有权拒绝承担该笔债务，并可以向分公司负责人追偿因此造成的损失。若总公司选择起诉，需提供证据证明欠款行为超出范围或超越代理权。
三、应对策略建议
对于总公司：
- 收集证据：包括欠款合同、转账记录、分公司负责人签字确认的文件等，以证明欠款事实及责任归属。
- 内部调查：对分公司负责人的欠款行为进行内部调查，了解欠款原因、资金去向等，为后续法律行动提供依据。
- 法律咨询：在起诉前咨询专业律师，评估案件胜诉率及可能面临的法律风险，制定合适的诉讼策略。
- 考虑和解或调解：在诉讼前尝试与分公司负责人进行和解或调解，以降低成本、缩短时间并维护公司形象。
对于分公司负责人：
- 核实欠款事实：确认欠款金额、原因及还款计划等，避免不必要的法律纠纷。
- 积极沟通：与总公司进行积极沟通，解释欠款原因并寻求解决方案，如分期还款、延期还款等。
- 寻求法律援助：若面临诉讼风险，及时咨询专业律师并寻求法律援助，以维护自身合法权益。
总结来说，总公司起诉分公司负责人欠款是否合法需根据欠款性质、责任归属及证据情况等因素综合判断。在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静、理性沟通，并寻求专业律师的帮助以制定合适的解决方案。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。