结论：公司扣你1000块钱是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司扣款是否合法的前提——规章制度

1. 规章制度合法性：

   • 公司扣款必须基于合法有效的规章制度。这些规章制度应当经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并且已经向你公示或告知。
   • 如果公司扣款所依据的规章制度未经民主程序制定，或者未向你公示、告知，那么该规章制度对你可能不具有约束力，公司据此扣款可能不合法。

2. 规章制度内容合理性：

   • 规章制度中关于扣款的规定应当合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能显失公平。
   • 例如，如果规章制度规定“员工迟到一次扣款1000元”，这样的规定可能因显失公平而被认定为无效。

二、公司扣款的具体情形

1. 因员工过错扣款：

   • 如果公司扣款是因为你存在过错（如违反公司规章制度、造成公司损失等），并且扣款金额在合理范围内，那么公司扣款可能是合法的。
   • 但公司需要承担举证责任，证明你存在过错以及扣款金额的合理性。

2. 无合法理由扣款：

   • 如果公司扣款没有合法理由，或者扣款金额明显超出合理范围，那么公司扣款可能不合法。
   • 在这种情况下，你有权要求公司返还被扣款项，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

三、你的应对措施

1. 与公司沟通：

   • 首先，你可以与公司沟通，了解扣款的具体原因和依据。
   • 如果公司能够提供合法有效的规章制度作为依据，并且扣款金额合理，那么你可能需要接受这一结果。
   • 如果公司无法提供合法依据或扣款金额不合理，你可以向公司提出异议，并要求返还被扣款项。

2. 寻求法律援助：

   • 如果与公司沟通无果，你可以咨询专业律师（比如我，常思远律师，专注于股权转让、涉外法律领域，有问题可以直接向我咨询），了解你的权益和可能的维权途径。
   • 你可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣款项并承担相应责任。

四、法律后果

1. 如果公司扣款合法：

   • 你需要接受扣款结果，并遵守公司的规章制度。

2. 如果公司扣款不合法：

   • 公司可能需要返还被扣款项，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决。
   • 你还有权要求公司支付因扣款给你造成的损失（如利息损失等）。

建议：在处理此类问题时，建议你保留好相关证据（如工资条、扣款通知、公司规章制度等），以便在需要时维护自己的合法权益。如果公司扣款行为确实不合法，不要害怕维权，法律会为你提供保护。