网店以时间超时为由不补开发票不合法。具体分析如下：

1. 从发票管理法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，只要发生了经营业务并收取了款项，商家就有开具发票的法定义务。
   • 同时，该办法并未规定发票补开的时效限制。也就是说，即使交易已经过去了一段时间，只要消费者提出合理的补开发票请求，商家仍然应当履行补开发票的义务。

2. 从消费者权益保护的角度：

   • 消费者在购买商品或接受服务时，有权要求商家提供发票作为交易凭证。这是消费者的一项基本权利，也是保障消费者合法权益的重要手段。
   • 如果商家以时间超时为由拒绝补开发票，实际上是在剥夺消费者的这一权利，损害了消费者的合法权益。

3. 从商家责任的角度：

   • 商家作为经营活动的主体，应当严格遵守相关法律法规，履行开具发票的法定义务。如果商家未能履行这一义务，不仅可能面临税务部门的处罚，还可能损害自身的商业信誉和消费者信任。
   • 因此，商家应当积极响应消费者的补开发票请求，及时、准确地为消费者提供发票。