结论：总公司中标后由分公司执行、结算、开票的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 若分公司以总公司名义执行、结算、开票，且符合内部授权规定，则合法
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。若总公司中标后，通过内部授权文件（如授权委托书）明确授权分公司以总公司名义执行合同、收取款项并开具发票，且合同相对方（如发包方）知晓并同意该安排，则该行为合法。此时，分公司实质为总公司的履约辅助人，合同权利义务仍归属于总公司，开票主体应为总公司（分公司可代为开具，但需在发票备注栏注明“代总公司开具”或类似表述）。

2. 若分公司以自身名义执行、结算、开票，需满足特定条件
   若分公司希望以自身名义履行合同并独立结算、开票，需满足以下条件：

   • 合同相对方同意：发包方需明确同意将合同主体变更为分公司，并签署补充协议或变更协议；
     
   • 分公司具备相应资质：若合同履行需特定资质（如施工资质、经营许可），分公司需独立具备该资质；
     
   • 税务合规：分公司需在税务机关完成税务登记，并具备独立开具发票的资格（如增值税一般纳税人或小规模纳税人身份）。
     若未满足上述条件，分公司以自身名义执行合同可能构成无权代理或超越经营范围，导致合同效力瑕疵或税务风险。

3. 潜在风险与合规建议

   • 税务风险：若分公司未独立核算，却以自身名义开具发票，可能导致总公司与分公司之间收入、成本划分不清，引发税务机关调整应纳税所得额的风险；
     
   • 合同风险：若未明确约定权利义务主体，可能因分公司履约能力不足导致总公司承担连带责任；
     
   • 合规建议：
     
     • 完善内部授权文件，明确分公司权限范围；
       
     • 在合同中明确约定履约主体（总公司或分公司）及责任划分；
       
     • 确保分公司税务登记与开票资格合规，避免“三流不一致”（资金流、货物流、发票流）问题。

总结：总公司中标后由分公司执行、结算、开票的合法性取决于具体操作方式。若以总公司名义并经合法授权，则合法；若以分公司名义，需满足合同变更、资质及税务合规等条件。建议根据实际交易结构设计合规方案，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。