针对您提出的问题，即女性职工在顺产修满158天后因孩子还在哺乳期请假27天，公司是否可以不发年终奖，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国妇女权益保障法》第四十八条的规定，用人单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资和福利待遇。这一条款明确保护了女职工在特殊生理时期的权益，确保她们不会因为这些原因而遭受不公平的待遇。
二、年终奖的性质与发放原则
年终奖作为劳动报酬的一部分，其发放应当遵循公平、合理的原则。根据相关法律法规及实践，年终奖的发放通常与劳动者的工作表现、对单位的贡献程度以及公司的经营状况等因素有关。然而，这些因素并不包括劳动者的婚姻状况、怀孕、产假或哺乳等个人情况。
三、公司制度与法律法规的冲突
如果公司制度中规定“全年累计休假20天及以上（不含带薪节假），不予发放年终奖”，并且将产假、哺乳假等视为非带薪节假，那么这一规定可能与《中华人民共和国妇女权益保障法》第四十八条产生冲突。因为产假、哺乳假是女职工依法享受的特殊保护，应当被视为带薪节假，不应成为公司拒绝发放年终奖的理由。
四、具体案例分析
以您提供的案例为例，王女士在休产假期间，公司以其休过产假为由拒绝发放年终奖。然而，在工会调解员的介入下，公司最终同意支付部分年终奖。这一案例表明，公司不得以女职工休产假为由拒绝发放年终奖，否则可能面临法律纠纷和声誉损失。
五、建议与结论
与公司沟通：首先，建议您与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确表达您的诉求和依据的法律法规。
收集证据：如果公司坚持拒绝发放年终奖，您需要收集相关证据，如劳动合同、公司制度、考勤记录、工作成果等，以证明您符合年终奖的发放条件。
寻求法律援助：如果沟通无果，您可以向当地的劳动仲裁机构或法院提起劳动仲裁或诉讼，寻求法律援助和维权。
综上所述，公司不得以您休产假或哺乳假为由拒绝发放年终奖。如果公司坚持这一做法，您有权通过合法渠道维护自己的权益。希望以上分析能对您有所帮助。