公司两年后才补签劳动合同是违法的。下面我将从法律背景、法律后果以及建议措施三个角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。这是法律的强制性规定，旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动关系的稳定性和明确性。如果用人单位未在规定时间内与劳动者签订书面劳动合同，将面临法律责任。
法律后果
支付双倍工资：
- 根据《劳动合同法》第八十二条的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果公司两年后才补签劳动合同，那么在这之前的十一个月（假设用工满一年后补签），公司需要向劳动者支付双倍的工资作为赔偿。
视为已订立无固定期限劳动合同：
- 如果用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，根据《劳动合同法》第十四条的规定，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。这将对公司的用工管理带来一定的不确定性和风险。
可能面临行政处罚：
- 除了上述民事赔偿外，用人单位还可能因违反劳动法律法规而面临劳动行政部门的行政处罚，如罚款等。
建议措施
及时补签并支付赔偿：
- 既然公司已经意识到未签订劳动合同的问题，并决定补签，那么应当尽快与劳动者协商并补签劳动合同。同时，根据法律规定，公司还需要向劳动者支付未签订劳动合同期间的双倍工资差额（扣除已支付的部分）。
加强内部管理：
- 公司应当加强内部管理，完善劳动合同签订流程，确保在用工之日起一个月内与劳动者签订书面劳动合同。这不仅可以避免法律风险，还可以提高公司的管理效率和员工满意度。
咨询专业律师：
- 如果公司在处理此类问题时存在疑问或困惑，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为专业律师，我可以为公司提供全面的法律咨询和解决方案，帮助公司更好地应对劳动纠纷和法律风险。
综上所述，公司两年后才补签劳动合同是违法的，并可能面临支付双倍工资、视为已订立无固定期限劳动合同以及行政处罚等法律后果。因此，我建议公司及时补签劳动合同并支付相应赔偿，同时加强内部管理并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。