结论：厂里因工伤扣除全体员工的年终奖，这一做法通常是不合法的，但具体还需根据公司的规章制度、劳动合同以及年终奖的发放条件来综合判断。
法律背景与依据
《工伤保险条例》第三十三条：
- 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这包括年终奖作为工资福利的一部分，也应由单位按月支付（若年终奖的发放周期与工资支付周期相匹配，且属于常规福利）。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为工资的一部分，同样受到此条款的保护。
合法扣除年终奖的情形
尽管上述法律条款保护了员工的工资福利待遇，但在某些特定情况下，公司可能合法扣除年终奖：
规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件，且这些条件与员工的个人工作表现、出勤情况等紧密相关，同时该规章制度是通过民主程序制定的，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，那么在工伤期间未满足这些条件时，扣除年终奖可能被视为合法。
年终奖与特定考核指标挂钩：
- 如果年终奖的发放与特定考核指标（如个人业绩、项目完成情况等）挂钩，且工伤期间员工确实无法完成这些指标，同时公司能够证明其合理性，那么扣除年终奖也可能被视为合法。但这种情况较为特殊，且需要公司承担举证责任。
劳动者权益保护建议
审查公司规定与劳动合同：
- 劳动者应首先查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否存在关于工伤期间年终奖扣除的条款，以及这些条款的合法性。如果发现条款违法或不合理，可以向公司提出异议。
与公司协商：
- 在确认公司规定或劳动合同存在问题后，劳动者可以尝试与公司进行沟通协商，依据法律规定提出自己的诉求，要求公司支付被扣除的年终奖。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求裁决公司支付被扣除的年终奖。对仲裁结果不满的，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
特殊情况考量
- 全体员工年终奖被扣：如果公司因个别员工的工伤情况而扣除全体员工的年终奖，这一做法显然缺乏合理性，且很可能违反了相关法律法规。在这种情况下，劳动者更有理由向公司提出异议并寻求法律保护。
总结：厂里因工伤扣除全体员工的年终奖通常是不合法的。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自己的权益，并依据法律规定采取适当的措施来维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。