针对您描述的情况，首先明确结论：您需要尽快收集并整理相关证据，以证明这笔款项的实际性质和流转情况，必要时可通过法律途径解决争议。
一、法律背景与原则
在处理此类涉及贷款和资金流转的纠纷时，关键在于证明资金的实际用途和流转的合法性。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，贷款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若款项并非基于真实的贷款合同关系而流转，而是存在其他约定或目的，则需根据实际情况和证据来判断款项的性质。
二、具体分析与建议
收集证据：
- 转账记录：保留所有与这笔款项相关的转账记录，包括从对方账户转入您公司账户的记录，以及您公司账户转回给对方的记录。
- 沟通记录：查找并保存与对方就这笔款项的所有沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些记录可能包含款项的实际用途、双方约定等关键信息。
- 合同或协议：如果双方曾就这笔款项签订过任何形式的合同或协议，务必保留原件或复印件，这是证明款项性质的最直接证据。
分析款项性质：
- 如果这笔款项并非基于真实的贷款合同关系，而是对方以贷款名义进行的资金流转，可能涉及虚假诉讼、诈骗等违法行为。您需要仔细分析款项的流转过程、目的和双方的实际约定。
- 如果双方存在其他经济往来或约定，如合作投资、借款偿还等，且这笔款项是为此而流转的，那么您需要证明这一点，以避免被误认为是不当得利或非法占有。
法律途径解决：
- 协商：在收集到足够证据后，您可以尝试与对方进行协商，说明款项的实际性质和流转情况，要求对方承认并停止无理纠缠。
- 诉讼：如果协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼，要求确认款项的性质、返还多付的款项（如有）或追究对方的法律责任。在诉讼过程中，您需要提交上述收集到的证据来支持您的主张。
三、可能面临的法律后果
- 如果对方坚持不承认这笔款项，且您无法提供足够证据证明其性质，可能会面临一定的法律风险，如被对方起诉要求返还“不当得利”等。
- 如果能够证明对方存在虚假诉讼、诈骗等违法行为，您不仅可以维护自己的合法权益，还可以向相关部门举报对方的违法行为。
四、后续行动建议
- 尽快行动：由于时间推移可能导致证据灭失或难以收集，建议您尽快采取行动，收集并整理相关证据。
- 咨询专业律师：虽然我在此提供了基本的法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律帮助。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
总之，面对此类纠纷，关键在于收集并整理相关证据，以证明款项的实际性质和流转情况。必要时，可通过法律途径解决争议。希望以上分析能对您有所帮助。