结论：医生开的病假公司扣除休息天是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，病假期间应包含休息日，公司不应单独扣除；但若公司规章制度或劳动合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规强制性规定，则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、病假期间是否包含休息日
法律规定角度：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，医疗期（即病假期间）是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。这个时限是连续的，自然包含了工作日和休息日。
- 因此，从法律规定来看，病假期间应包含休息日，公司不应单独扣除休息日作为病假天数。
实际操作角度：
- 在实际操作中，如果员工因病需要休息，且医生开具了病假证明，那么员工应享受完整的病假期间，包括休息日。
- 如果公司单独扣除休息日作为病假天数，可能构成对员工权益的侵犯，员工有权向公司提出异议或寻求法律援助。
二、公司规章制度或劳动合同中的特别约定
合法性判断：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确约定了病假期间不包含休息日，或者对病假天数的计算有特别规定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定可能是合法的。
- 但需要注意的是，任何对员工权益的限制或剥夺都必须有明确的法律依据或合同约定，且不得违反法律法规的强制性规定。
员工权益保护：
- 即使公司有这样的特别约定，员工也有权了解并确认该约定的合法性和合理性。
- 如果员工认为公司的约定侵犯了其合法权益，可以向公司提出异议或寻求劳动仲裁、诉讼等法律途径解决。
三、建议与措施
与公司沟通：
- 如果员工发现公司扣除了病假期间的休息日，首先应与公司进行沟通，了解公司的具体做法和依据。
- 在沟通过程中，员工可以明确表达自己的权益和诉求，要求公司给予合理的解释和答复。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，或者员工认为公司的做法严重侵犯了其合法权益，可以寻求法律援助。
- 作为专业律师，我可以根据员工的具体情况和法律法规的规定，为员工提供专业的法律意见和帮助。
保留证据：
- 在处理此类问题时，员工应保留好相关的证据材料，如病假证明、公司规章制度、劳动合同等。
- 这些证据材料在后续的法律程序中可能起到关键作用，有助于员工维护自己的合法权益。
最后，病假期间应包含休息日是基本原则，但具体是否合法还需根据公司规章制度或劳动合同中的特别约定来判断。如果员工对此有疑问或认为公司的做法侵犯了其合法权益，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。