结论前置：劳动合同补充协议约定司龄按新签合同计算，其合法性需根据具体情况判断，关键在于该约定是否违反法律法规的强制性规定，以及是否双方真实意思表示且协商一致。

1. 合法性判断的基础原则

• 协商一致原则：劳动合同补充协议作为原劳动合同的补充或变更，必须基于双方真实意愿，通过平等自愿的协商达成。若该约定是双方协商一致的结果，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该约定是合法的。
• 内容合法原则：补充协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。关于司龄的计算，虽然法律没有明确规定必须如何计算，但如果该约定导致劳动者的合法权益受损（如影响工龄工资、年假天数等），则可能因违反公平原则或损害劳动者权益而被认定为无效。

2. 具体情境下的合法性分析

• 若新签合同为续签或变更合同：在这种情况下，如果双方约定司龄按新签合同计算，但实质上是为了调整劳动条件（如薪资、职位等），且该调整对劳动者有利或至少没有损害其利益，同时双方协商一致，那么该约定通常是合法的。
• 若新签合同为全新合同，且原合同关系已终止：在这种情况下，如果双方约定司龄从新签合同开始计算，这相当于双方重新建立了劳动关系，原合同中的司龄不再连续计算。这种约定在双方协商一致且没有违反法律法规的情况下，也是合法的。但需要注意的是，如果原合同中有关于司龄连续计算的明确约定，且该约定对劳动者有利，那么新签合同中的这一约定可能因违反原合同的约定而被认定为无效。
• 若约定导致劳动者权益受损：如果补充协议中关于司龄按新签合同计算的约定，导致劳动者在工龄工资、年假天数、经济补偿等方面受到不利影响，且这种影响没有合理的解释或补偿机制，那么该约定可能因违反公平原则或损害劳动者权益而被认定为无效。

3. 法律建议

• 仔细审查合同条款：在签订劳动合同补充协议时，劳动者应仔细审查合同条款，特别是关于司龄计算的约定，确保自己的权益不受损害。
• 协商一致并保留证据：如果双方对司龄计算有特别约定，应确保该约定是双方协商一致的结果，并保留好相关证据（如邮件、聊天记录等），以便在发生争议时维护自己的权益。
• 咨询专业律师：如果劳动者对补充协议中的条款有疑问或不确定其合法性，可以向专业律师咨询，以获取更准确的法律意见。

4. 可能的法律后果

• 若约定合法有效：则双方应按照约定履行义务，劳动者应接受新的司龄计算方式。
• 若约定无效：则可能恢复原合同中的司龄计算方式，或者根据实际情况由法院或仲裁机构作出公正裁决。

综上所述，劳动合同补充协议约定司龄按新签合同计算的合法性需根据具体情况判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。