结论：员工三个月病假后仍不返岗，公司是否可以发解除劳动合同关系通知书，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、医疗期内的保护
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据实际工作年限和在本单位工作年限给予3个月到24个月的医疗期。在医疗期内，用人单位原则上不得解除劳动合同。若违法解除，需按照《劳动合同法》第八十七条的规定，支付经济补偿标准的二倍作为赔偿金。
- 医疗期时长：具体医疗期的时长需根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限来确定。例如，实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。因此，如果员工三个月病假仍在医疗期内，公司不得解除劳动合同。
二、医疗期满后的处理
如果员工三个月病假已经超出了其应享有的医疗期，或者医疗期虽未满但员工病情严重，经企业和劳动主管部门批准适当延长了医疗期后仍不能返岗，且不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，那么公司可以依法解除劳动合同。但需注意以下程序：
- 提前通知：公司需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
- 支付经济补偿：按照《劳动合同法》第四十七条的规定支付经济补偿金，即每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、特殊情况的处理
- 职业病或因工受伤：如果员工患的是职业病，或者因工伤导致不能工作，公司更不能随意解除劳动合同，而应按照工伤保险的规定来处理。这包括提供必要的医疗救治、支付工伤津贴、承担医疗费用等，并在员工康复或评定伤残等级后，依据相关规定给予相应的工伤待遇。
- 员工提供虚假病假证明：如果员工在病假期间提供虚假病假证明，或者存在其他严重违反公司规章制度的行为，公司有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
四、建议与注意事项
- 核实医疗期：公司在考虑解除劳动合同前，应首先核实员工的医疗期是否已满，以及员工是否确实不能从事原工作或另行安排的工作。
- 遵循法定程序：无论何种情况，公司解除劳动合同都必须遵循法定程序，包括提前通知、支付经济补偿等。
- 保留证据：公司在处理此类问题时，应保留好相关证据，如病假证明、医疗期计算依据、工作安排通知等，以备不时之需。
- 沟通与协商：在可能的情况下，公司应积极与员工沟通，了解其病情和治疗进展，尝试通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。
总结：员工三个月病假后仍不返岗，公司是否可以发解除劳动合同关系通知书，需根据员工的医疗期、工作能力以及公司的具体情况和法律规定来判断。在实际操作中，建议公司咨询专业的法律意见，以确保合法合规地处理此类问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。