关于“迟到三次扣全勤奖是否合法”的问题，结论如下：
若公司规章制度合法且员工知情同意，则合法：如果公司的规章制度中明确规定了迟到三次将扣除全勤奖，并且该规章制度的制定和公示均符合法律要求（如经过民主程序制定并向员工公示），同时员工在入职时已知悉并同意遵守此规定，那么公司扣除全勤奖的行为是合法的。
若公司规章制度不合法或员工不知情不同意，则可能不合法：如果公司的规章制度未经过民主程序制定、未向员工公示，或者员工在未知情或未同意的情况下被扣除全勤奖，那么这种行为可能构成违法。此外，如果扣款数额过高，超出了员工当月工资的合理比例，也可能被视为不合法。
详细分析：
公司规章制度的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四条，用人单位应当依法建立和完善规章制度，且规章制度需经过民主程序制定并向员工公示。这是确保规章制度合法性的基础。
- 规章制度的内容应合理且不违反法律法规的强制性规定。例如，对迟到的界定应公平合理，不应因不可抗力或紧急情况导致的迟到也计入扣奖次数。
扣款数额的合理性：
- 扣款的数额必须合理，不能对员工造成过度经济负担。如果扣款数额过高，如超出了员工当月工资的合理比例（具体比例可能因地区和行业而异，但一般不应超过20%），那么这样的扣款行为可能是不合法的。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，扣款行为应遵循这一原则，确保员工的合法权益不受侵害。
员工知情与同意：
- 员工在入职时应当被告知公司的规章制度，包括全勤奖的评选条件和扣款规定。这是确保员工知情权的重要一环。
- 员工在知情的基础上，应明确表示同意遵守公司的规章制度。如果员工在未知情或未同意的情况下被扣除全勤奖，那么这种行为可能构成违法。
特殊情况处理：
- 即使公司规章制度合法、扣款合理且员工知情同意，但在某些特殊情况下，公司也应考虑酌情处理。例如，员工因突发的交通堵塞、家庭成员突发疾病等不可抗力或紧急情况导致迟到，公司可结合具体情况，给予适当的宽容和理解，而不应一概而论地扣除全勤奖。
争议解决途径：
- 如果员工对公司的扣款行为有异议，可以根据《中华人民共和国劳动法》第七十七条的规定，依法申请调解、仲裁或提起诉讼。此外，员工也可以与公司通过协商的方式解决争议，以维护双方的合法权益。
建议：
- 公司角度：在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，应合理设置全勤奖及相应的扣除规则，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 员工角度：在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是与全勤奖相关的条款。如果对公司的扣款行为有异议，应及时与公司沟通协商或寻求法律帮助。
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