核心结论：当遇到对方合同确认超时影响开票的情况，可先通过友好沟通协商解决；若协商不成，依据合同条款处理，必要时可通过法律途径解决。以下是具体情况分析：

1. 友好沟通协商

   • 沟通目的：首先，尝试与对方进行友好、诚恳的沟通。了解对方合同确认超时的具体原因，是因为内部流程繁琐、相关人员疏忽，还是存在其他特殊情况。比如，对方可能由于近期业务繁忙，负责合同确认的人员出差在外，导致未能及时处理。
   • 沟通方式：可以通过电话、邮件或者面对面会议等方式与对方沟通。在沟通中，明确表达己方按照合同约定需要及时开票的需求，以及开票延迟可能对双方业务和财务流程产生的影响，如影响己方的税务申报、资金回笼等。同时，询问对方预计的合同确认时间，以便合理安排开票工作。
   • 协商结果：如果对方能够给出合理的解释和明确的确认时间，并且承诺会尽快完成确认，那么可以等待对方完成确认后再进行开票。在等待期间，保持与对方的沟通，及时了解确认进度。

2. 依据合同条款处理

   • 审查合同：仔细审查双方签订的合同，查看合同中是否对合同确认的时间、开票时间以及违约责任等有明确约定。例如，合同可能规定对方应在收到合同文本后的[X]个工作日内完成确认，否则视为默认确认；或者约定在合同确认后[X]个工作日内，己方应完成开票。
   • 履行通知义务：如果合同中有相关约定，且对方确实超时未确认，己方可以按照合同约定，向对方发出书面通知，提醒对方履行合同确认义务，并明确告知对方若在规定时间内仍未确认，己方将按照合同约定进行开票或者采取其他相应措施。通知可以通过邮寄挂号信、电子邮件（确保有送达记录）等方式发送，以保留证据。
   • 按照合同开票或采取措施：若对方在收到通知后仍不确认，且合同明确规定在此情况下可视为默认确认或者己方有权按照一定方式开票，那么己方可以按照合同约定进行开票。同时，要注意保留好开票的相关证据，如发票复印件、寄送凭证等。如果合同约定了对方超时确认的违约责任，己方还可以根据实际情况，要求对方承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。

3. 法律途径解决

   • 发送律师函：如果通过沟通和依据合同条款处理都无法解决问题，可以考虑委托律师向对方发送律师函。律师函具有正式性和威慑力，能够明确告知对方其行为已经构成违约，以及可能面临的法律后果，促使对方重视问题并尽快解决。
   • 提起诉讼或仲裁：若对方仍然拒绝履行合同义务，己方可以根据合同中的争议解决条款，向有管辖权的人民法院提起诉讼或者向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，己方需要提供充分的证据，如合同文本、沟通记录、通知凭证、开票证据等，以证明对方存在违约行为，维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，要注意保留好各种证据，确保自己的行为符合合同约定和法律规定。如果对具体的处理方式存在疑问，可以直接向我咨询。