劳动合同中约定5000薪资包含延长工作时间加班费，这一做法是否合理，需分情况讨论：

1. 若该5000元薪资明确且合理包含了正常工作时间工资和加班费，且加班费的计算基数和方式符合法律规定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以约定加班费的计算方式，但前提是该约定不得低于法定标准，且要确保劳动者的合法权益不受侵害。如果5000元中已经合理包含了加班费，并且加班费的计算是基于劳动者正常工作时间工资的一定比例（如通常的150%、200%、300%等，根据加班时段的不同而有所区别），且这一比例不低于法定最低标准，那么这种约定在法律上是可行的。
   • 举例：假设劳动者正常工作时间工资为3000元，双方约定加班费按照正常工资的1.5倍（即4500元中的1500元为加班费部分，若按此比例折算实际加班时长对应的加班费不低于法定标准）包含在5000元总薪资中，且这一约定不违反最低工资标准等法律规定，那么这种约定是合理的。但需注意，实际加班时长对应的加班费计算需符合法定标准，不能仅凭总薪资来反推加班时长是否合法。

2. 若该5000元薪资实际上无法合理区分正常工作时间工资和加班费，或者加班费的计算方式违反了法律规定：

   • 如果劳动合同中的约定使得劳动者无法明确知晓其正常工作时间工资和加班费的具体数额，或者加班费的计算方式低于法定标准，那么这种约定是不合理的，也是违法的。
   • 法律后果：根据《劳动法》及相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，包括加班费。如果用人单位违反规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。用人单位可能需要承担补发加班费、支付经济补偿金等法律责任。

3. 从劳动者权益保护的角度出发：

   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于薪资和加班费的约定。如果发现合同中的约定存在模糊不清或者违反法律规定的情况，应及时向用人单位提出异议，并要求修改合同条款。
   • 建议：劳动者可以要求用人单位在合同中明确区分正常工作时间工资和加班费的具体数额，以及加班费的计算方式和标准。这样有助于保障劳动者的合法权益，避免在后续工作中出现纠纷。

总结来说，劳动合同中约定5000薪资包含延长工作时间加班费是否合理，取决于该约定是否明确、合理，且加班费的计算方式是否符合法律规定。如果约定合理且合法，那么这种做法是可行的；如果约定模糊或者违反法律规定，那么劳动者有权提出异议并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。