综合工时制的员工在法定节假日的加班小时不会纳入综合加班小时，且应依法获得不低于本人小时工资标准300%的加班费。以下从多个角度为您详细分析：
一、综合工时制与法定节假日的独立性
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式。然而，法定节假日是独立于综合计算工时周期之外进行考量的。这意味着，在计算综合工时制的总工作时间时，不能将法定节假日的工作时间纳入其中进行调休或平均。法定节假日是国家法律明确规定的劳动者休息时间，具有不可替代性，无论员工实行的是哪种工时制度，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照法定标准支付加班工资。
二、法定节假日加班费的支付标准
根据我国《劳动法》第四十四条的规定，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定具有普遍性，适用于所有工时制度，包括综合计算工时制。因此，综合工时制的员工在法定节假日加班，用人单位需按照不低于员工本人日或小时工资的300%支付加班工资。
三、实例说明
以某实行综合工时制的员工为例，其综合计算周期为一个季度。在这个季度内，除法定节假日外，其工作时间总和经计算未超过法定标准工作时间。然而，如果该员工在国庆节（法定节假日）当天被安排上班，那么用人单位就需要单独按照不低于该员工工资300%的标准支付国庆节当天的加班工资，而不能将这一天的工作时间计入综合计算工时的周期内。
四、劳动者权益保护与用人单位责任
劳动者权益保护：劳动者有权拒绝用人单位在法定节假日的加班要求（除非有特殊情况，如涉及公共利益、抢险救灾等紧急情况），并有权获得法定节假日的加班工资。
用人单位责任：用人单位应严格遵守相关法律法规，确保在法定节假日安排劳动者工作时，正确计算和支付加班工资。劳动行政部门也有权对用人单位在法定节假日加班及加班工资支付等情况进行监督检查，以确保劳动者的合法权益得到保障。
五、特殊情况下的处理
虽然综合工时制下法定节假日的加班小时不计入综合加班小时，但如果员工在综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准工作时间，超出部分仍应视为延长工作时间（即加班），并按照不低于员工本人小时工资标准的150%支付加班工资。不过，这一处理与法定节假日的加班是分开计算的，不影响法定节假日加班工资的支付。
总结与建议：
综合工时制的员工在法定节假日的加班小时不会纳入综合加班小时，且应依法获得相应的加班费。作为劳动者，您应了解自己的权益，并在必要时向用人单位主张。作为用人单位，应严格遵守相关法律法规，确保加班费的正确计算和支付，以维护劳动者的合法权益。如果您在综合工时制或法定节假日加班方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。