综合工时制并不将法定节假日纳入总时长进行计算。员工在法定节假日工作的，应依法获得不低于本人小时工资标准300%的加班费。以下是对这一问题的详细解释：
一、综合工时制概述
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。该制度采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说，一个周期内总的工作时间不应超过按照标准工时制（每日8小时，每周40小时）计算的总工作时间。
二、法定节假日在综合工时制中的规定
独立性：法定节假日是独立于综合计算工时周期之外进行考量的。在计算综合工时制的总工作时间时，不能将法定节假日的工作时间纳入其中进行调休或平均。这是因为法定节假日是法律规定的休息日，员工享有休息的权利，用人单位不得通过综合计算工时制来剥夺这一权利。
加班费支付：根据我国《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，必须支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定适用于所有工时制度，包括标准工时制、综合工时制以及不定时工时制。因此，无论员工实行的是哪种工时制度，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照上述标准支付加班工资。
实例说明：以某实行综合工时制的员工为例，其综合计算周期为一个季度。在这个季度内，除法定节假日外，其工作时间总和经计算未超过法定标准工作时间。然而，如果该员工在国庆节（法定节假日）当天被安排上班，那么用人单位就需要单独按照不低于该员工工资300%的标准支付国庆节当天的加班工资，而不能将这一天的工作时间计入综合计算工时的周期内。
三、法律建议
对于实行综合工时制的员工和用人单位来说，了解并遵守法定节假日的相关规定至关重要。员工应明确自己在法定节假日的休息权利，以及如果被安排工作应获得的加班费标准。用人单位则应严格遵守法律法规，不得侵犯员工的合法权益，确保在法定节假日安排工作时依法支付加班费。
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