结论前置：公司在协商协议签订时未告知要从补偿金中扣除个人部分，这一行为是否合法，需分情况讨论。

1. 若协议中有明确约定且员工知晓：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，经济补偿金的支付应当遵循双方协商一致的原则。如果双方在协商过程中，已经明确约定了补偿金中需要扣除个人部分（如社保、公积金等个人应承担的费用），并且这一约定在协议中有明确体现，同时员工在签订协议时已经知晓并同意这一条款，那么公司的行为是合法的。
   • 建议：员工在签订协议前，应仔细阅读协议内容，特别是关于经济补偿金的支付条款，确保自己了解并同意所有条款后再签字。

2. 若协议中无明确约定或员工不知情：

   • 法律背景：如果协议中没有明确约定需要从补偿金中扣除个人部分，或者员工在签订协议时并不知晓这一条款，那么公司擅自扣除个人部分的行为可能构成违法。因为这违反了双方协商一致的原则，也侵犯了员工的合法权益。
   • 法律后果：员工有权要求公司按照协议约定的金额支付经济补偿金，并可以就公司擅自扣除的部分向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司返还被扣除的金额。
   • 建议：员工在发现公司擅自扣除补偿金个人部分时，应首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的理由和依据。如果协商无果，员工可以保留好相关证据（如协议、工资条、银行流水等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 社保、公积金等法定扣除：如果扣除的是社保、公积金等个人应承担的费用，且这些费用在协议中有明确约定或符合相关法律法规的规定，那么公司的扣除行为是合法的。但即便如此，公司也有义务在签订协议时向员工明确说明扣除的项目和金额。
   • 税收问题：经济补偿金可能涉及个人所得税的缴纳。如果公司按照税法规定代扣代缴了个人所得税，那么这一扣除行为也是合法的。但同样，公司需要向员工说明税收的扣除情况和依据。

进一步思考：在签订协商协议时，员工应保持警惕，仔细阅读协议内容，特别是关于经济补偿金的支付条款。如果对公司扣除个人部分的行为有疑问或不满，应及时与公司沟通协商，确保自己的合法权益不受侵害。如果遇到复杂情况或无法解决的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。