关于物业秩序部每天上12小时需三次打卡是否合理的问题，这主要取决于公司的考勤管理制度以及是否遵循了相关的劳动法规。以下是我为您详细分析的几点内容：
首先，从劳动法规的角度来看，实行特殊工时制度（如综合计算工时工作制）需要得到当地人力资源和社会保障部门的批准。例如，在重庆市永川区，就有相关批复允许部分工作岗位实行以月为周期的综合计算工时工作制，但要求平均日工作时间和综合计算周期内的总实际工作时间应与总法定标准工作时间基本相同，即每月工作165.36小时。如果物业秩序部的工作时间超出了这个标准，或者没有得到相关部门的批准，那么这种工时制度可能就不符合劳动法规。
其次，关于打卡次数的问题，这主要取决于公司的具体考勤管理制度。不同的公司可能有不同的打卡要求，有的公司可能要求每天打卡四次（如上午上班、上午下班、下午上班、下午下班），而有的公司可能根据工作性质和实际需要，设定不同的打卡次数。在您提到的情况中，物业秩序部每天上12小时需三次打卡，这个次数本身并不直接违反劳动法规，但关键在于这种打卡制度是否合理反映了员工的工作时间和出勤情况，以及是否得到了员工的认可。
如果公司想要实行这样的考勤制度，应该注意以下几点：
确保工时制度合法：如果实行特殊工时制度，必须得到当地人力资源和社会保障部门的批准，并确保员工的工作时间不超过法定标准。
明确考勤制度：公司应该制定明确的考勤管理制度，包括打卡次数、打卡时间、迟到早退的处罚等，并确保这些制度得到员工的知晓和认可。
保障员工权益：在实行考勤制度的同时，公司应该保障员工的休息休假等权利，避免过度加班和疲劳工作。
合理调整工作安排：如果物业秩序部的工作确实需要长时间在岗，公司可以考虑合理安排员工的工作和休息时间，比如实行轮班制或者提供必要的休息设施。
综上所述，物业秩序部每天上12小时需三次打卡是否合理，取决于公司的考勤管理制度是否合法、合理，并是否得到了员工的认可。如果公司能够确保工时制度合法、明确考勤制度、保障员工权益，并合理调整工作安排，那么这样的考勤制度就是可以接受的。如果您对公司的考勤制度有疑问或者不满，建议您与公司的人力资源部门或者管理层进行沟通，寻求合理的解决方案。