公司不服从管理规定扣工资一般是不合法的，但具体情况需结合管理规定的内容和性质来判断。以下从不同角度为你详细分析：
合法性判断依据
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。除此之外，用人单位不得随意扣除劳动者工资。
管理规定与法律的关系：
- 如果公司的管理规定违反了法律法规的强制性规定，或者侵犯了劳动者的合法权益，那么这样的管理规定是无效的，公司依据无效的管理规定扣除工资也是不合法的。
- 例如，如果公司规定“员工迟到一次扣工资500元”，这样的规定显然过于严苛，且可能违反了劳动法中关于工资支付和劳动纪律的相关规定，因此是无效的。
不同情况下的处理方式
管理规定合法且合理：
- 如果公司的管理规定是合法且合理的，比如规定“员工因严重违反公司规章制度（如盗窃、泄露商业秘密等）造成公司损失的，公司可以要求员工赔偿并从其工资中扣除相应金额”，且该规定在劳动合同或员工手册中有明确约定，且扣除的金额不超过劳动者当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付），那么这样的扣除是合法的。
管理规定不合法或不合理：
- 如果公司的管理规定不合法或不合理，比如上述提到的“迟到一次扣500元”的情况，或者公司无正当理由随意扣除工资，那么劳动者有权向公司提出异议，并要求公司补发被扣除的工资。
- 如果公司拒绝补发，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
法律建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和劳动纪律的部分，确保自己的权益不受侵犯。
- 如果公司存在违法扣除工资的行为，要及时收集证据（如工资条、扣款通知等），并向公司提出异议或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
对于公司：
- 在制定管理规定时，要确保规定合法且合理，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果需要扣除劳动者工资，要确保扣除的金额和方式符合法律法规的规定，并提前与劳动者进行沟通和协商。
总结来说，公司不服从管理规定扣工资是否合法，取决于管理规定的内容和性质。如果管理规定合法且合理，且扣除的金额和方式符合法律法规的规定，那么这样的扣除是合法的；否则，就是不合法的。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。