结论：自离扣两千是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及扣款是否超出法定限度等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了自离（即未按照公司规定程序离职）将扣除一定金额的工资或奖金，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示（如张贴在公司公告栏或内部网站）或告知员工（如员工签字确认），那么公司按照规章制度扣除一定金额可能是合理的。
- 但需注意，规章制度的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定，如不能规定扣除的金额超过员工当月工资的20%或法定最低工资标准等。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了自离将扣除一定金额的工资或奖金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣除金额也可能是合理的。
- 同样，劳动合同中的约定也必须合法，不能损害员工的合法权益。
二、扣款是否超出法定限度
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 若公司扣除的金额超过了员工当月工资的20%，或者扣除后员工的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款就是不合法的。例如，如果员工当月工资为5000元，公司最多只能扣除1000元（即5000元的20%），如果扣除2000元，就超出了法定限度。
三、实际操作建议
核实公司规章制度与劳动合同：
- 员工应首先核实公司的规章制度和劳动合同中是否有关于自离扣款的规定，以及这些规定是否合法。
与公司协商：
- 如果员工认为公司的扣款不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣款的依据和合理性，并尝试达成和解。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司返还多扣的工资或奖金。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如工资条、劳动合同、公司规章制度等。
举例说明：假设员工小张的月工资为6000元，公司规章制度中规定自离将扣除当月工资的30%作为违约金。但根据《工资支付暂行规定》，公司每月最多只能扣除小张当月工资的20%，即1200元。如果公司实际扣除了1800元（即6000元的30%），那么超出的600元就是不合法的，小张有权要求公司返还。
后续行动建议：如果你遇到了自离扣款的情况，且认为扣款不合理，建议先与公司进行协商。如果协商无果，可以收集相关证据并向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。