结论：自离扣650块是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣款情形
劳动合同或规章制度有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工自离时公司可以扣除的款项，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除650元可能是合法的。但需注意，扣除的款项必须与员工自离行为有直接关联，且扣除金额应合理。
员工给公司造成实际损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：如果员工自离导致公司遭受了650元以上的直接经济损失，且公司能够提供充分证据证明这一点，那么公司扣除650元作为赔偿是合法的，但需确保扣除后员工工资不低于最低工资标准。
二、非法扣款情形
无合法依据扣除：
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定员工自离时可以扣除款项，或者扣除的款项与员工自离行为无直接关联，那么公司扣除650元就是非法的。
扣除金额不合理：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有相关规定，但如果扣除的金额明显不合理，超出了员工自离行为可能给公司造成的损失范围，那么这种扣除也是非法的。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 根据前述《工资支付暂行规定》第十六条，如果扣除650元后员工的工资低于当地月最低工资标准，那么这种扣除也是非法的。
三、建议与行动
核查劳动合同和规章制度：
- 员工应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，看是否有关于自离扣款的规定。
与公司沟通协商：
- 如果认为公司扣除的款项不合法或不合理，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的依据和理由，并尝试达成和解。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司返还非法扣除的款项。对劳动仲裁结果不服的，还可以向法院提起诉讼。
最后，自离扣650块是否合法取决于多种因素，包括劳动合同或规章制度的约定、员工自离行为给公司造成的实际损失以及扣除金额的合理性等。如果你面临类似情况，且不确定公司的扣款行为是否合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。