员工手册中规定旷工三天自动离职，其合法性主要取决于该规定是否符合法律法规的要求以及规章制度的制定和执行程序是否合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
法律未明确规定旷工天数：
- 我国《劳动合同法》等相关法律法规并未明确规定旷工几天即视为自动离职。因此，旷工行为的处理主要依赖于用人单位内部制定的规章制度。
法定解除劳动合同的条件：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这意味着，如果员工手册中的规定符合这一条件，且规章制度合法有效，那么用人单位可以依据此规定解除劳动合同。
二、用人单位规章制度角度
规章制度的合法性：
- 制定程序：规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果员工手册中的规定未经此程序制定，则可能不具有合法性。
- 公示告知：规章制度制定后，必须向劳动者公示或告知，如通过组织员工培训、在公司显著位置张贴公告等方式，确保劳动者知悉相关内容。如果员工手册未向劳动者公示或告知，则该规定对劳动者不具有约束力。
规章制度的内容：
- 若员工手册中明确规定了旷工三天属于严重违反公司规章制度的行为，并据此可解除劳动合同，那么当劳动者符合这一条件时，用人单位可以依据该规定解除劳动关系。但需要注意的是，规章制度的内容必须合理合法，不能违反法律法规的强制性规定。
规章制度的合法性审查：
- 如果规章制度未经民主程序制定，或虽制定但未向劳动者公示告知，或内容存在不合理之处（如规定的旷工天数过高），则该规章制度对劳动者不具有约束力，用人单位不能仅凭此认定劳动者自动离职。
三、保障劳动者权益角度
通知和催告义务：
- 即使劳动者存在旷工行为，用人单位也应当履行相应的通知和催告义务，给予劳动者解释和申辩的机会，以保障劳动者的合法权益。如果用人单位未经通知和催告直接认定劳动者自动离职，可能会侵害劳动者的合法权益。
避免侵害劳动者权益：
- 用人单位在解除劳动合同时，应确保程序的正当性，包括提前通知劳动者、给予申辩机会等。如果用人单位未经上述程序直接解除劳动合同，可能会构成违法解除，需要承担相应的法律责任。
四、实际操作建议
确保程序正当性：
- 用人单位在解除劳动合同时，应确保程序的正当性，包括提前通知劳动者、给予申辩机会等。这有助于避免法律纠纷和保障劳动者的合法权益。
保留充分证据：
- 用人单位应妥善保存与劳动者旷工、离职相关的证据，如考勤记录、通知记录等。这些证据在劳动争议中可能起到关键作用。
咨询专业律师：
- 如果用人单位对员工手册中的规定或解除劳动合同的程序存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。当然，您也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。
总结来说，员工手册中规定旷工三天自动离职的合法性取决于多个因素，包括规章制度的合法性、制定和执行程序以及是否保障了劳动者的合法权益等。如果用人单位希望制定这样的规定，应确保符合法律法规的要求并遵循正当的程序。如果劳动者对此有疑问或认为用人单位的规定不合理，可以通过劳动仲裁等方式来维护自身权益。