员工手册中规定员工连续旷工两天算自动离职，这一规定本身并不直接违法，但其合法性及有效性取决于多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 规章制度制定的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，员工手册中的旷工规定必须经过民主程序制定，否则可能因程序违法而无效。
   • 规章制度制定后，用人单位还有义务将其告知劳动者，通常通过员工手册签收、培训签到等方式进行。若劳动者未被告知或未签收员工手册，则该规定对劳动者不产生约束力。

2. 规章制度内容的合理性：

   • 规章制度的内容应当合理合法，不能违反法律法规的强制性规定。例如，将连续旷工两天直接规定为自动离职，虽然不直接违反法律，但可能因过于严苛而被认为不合理，尤其是在没有给予劳动者改正机会或警告的情况下。
   • 合理的规章制度通常会设定一定的旷工天数作为解除劳动合同的门槛，并可能包括警告、记过等中间步骤，以体现对劳动者的公平对待。

3. 劳动合同的约定：

   • 若劳动合同中明确约定了旷工达到一定天数（如两天）用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律法规强制性规定，则用人单位可以依据此约定解除劳动合同。
   • 但需要注意的是，劳动合同中的约定也不能违反规章制度的民主制定程序和公示要求。

4. 法律后果与劳动者权益保护：

   • 若用人单位依据不合法的规章制度或劳动合同约定解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位继续履行劳动合同或主张违法解除劳动合同的赔偿金。
   • 赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，这是对用人单位违法解除行为的惩罚性赔偿。

针对您的情况，建议如下：

• 审查员工手册：首先审查员工手册的制定程序是否合法，内容是否合理，以及是否已向您公示或告知。
• 核对劳动合同：核对劳动合同中是否有关于旷工的约定，以及该约定是否与员工手册一致。
• 咨询与维权：若您认为员工手册或劳动合同中的旷工规定不合法或不合理，或者用人单位以此为由解除劳动合同的行为违法，您可以向我咨询具体法律意见，并通过劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。

总之，员工手册中规定员工连续旷工两天算自动离职，其合法性及有效性取决于规章制度的制定程序、内容合理性以及劳动合同的约定。在遇到此类问题时，建议您仔细审查相关文件，并在必要时寻求专业法律帮助。