结论：公司以警告处罚就业规则为由扣年终奖百分之65是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度合法性角度分析
规章制度制定程序合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司扣年终奖的规章制度未经上述民主程序制定，那么该规章制度可能因程序违法而不具有法律效力，公司据此扣年终奖的行为也就可能不合法。
规章制度内容合法性：
- 规章制度的内容不得违反法律、法规的强制性规定。例如，如果公司规章制度中规定的扣年终奖比例过高，严重损害了劳动者的合法权益，那么该规定可能因内容违法而无效。
- 在您的情况下，扣年终奖百分之65是否合法，需看该比例是否在公司规章制度中有明确规定，且该规定是否合理、不违反法律强制性规定。如果规定本身不合理或违法，那么公司据此扣年终奖的行为就不合法。
二、从劳动合同约定角度分析
劳动合同中是否有相关约定：
- 如果劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件、发放比例以及扣减情形等，那么公司应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司不能随意扣减年终奖。此时，公司扣年终奖的行为可能缺乏合同依据，从而不合法。
劳动合同约定的合理性：
- 即使劳动合同中有相关约定，也需要考虑约定的合理性。如果约定过于苛刻，严重损害了劳动者的合法权益，那么该约定可能因显失公平而被撤销或调整。
三、从实际执行情况角度分析
公司是否实际执行了规章制度：
- 如果公司规章制度中规定了扣年终奖的情形和比例，但公司并未实际执行该制度，或者执行过程中存在不公平、不公正的情况，那么劳动者可以提出异议，并要求公司按照合理的方式发放年终奖。
扣年终奖是否与警告处罚直接相关：
- 公司以警告处罚为由扣年终奖，需要证明警告处罚与年终奖的扣减之间存在直接关联。如果警告处罚与年终奖的扣减无关，或者关联性不强，那么公司扣年终奖的行为可能缺乏合理性。
四、法律建议
审查公司规章制度：
- 建议您首先审查公司的规章制度，看其中是否有关于扣年终奖的规定，以及该规定是否合法、合理。
与公司协商：
- 如果您认为公司扣年终奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司按照合理的方式发放年终奖。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：公司以警告处罚就业规则为由扣年终奖百分之65是否合法，需结合公司规章制度的合法性、劳动合同的约定、实际执行情况以及法律建议等多方面因素进行综合判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。