公司罚款半年季度奖金和全部年终奖是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司规章制度明确规定罚款情形且程序合法，可能部分合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司可通过民主程序制定规章制度（如员工手册），明确“严重违反规章制度”的具体情形（如旷工、泄露商业秘密等）及对应处罚措施。若：

   • 规章制度已通过职工代表大会讨论、公示或告知员工；
     
   • 罚款情形属于“严重违反规章制度”的合理范围；
     
   • 罚款金额未超过员工当月工资的20%（依据《工资支付暂行规定》第十六条），
     则公司可扣除部分奖金作为处罚，但全部扣除年终奖可能超出合理范围。年终奖属于劳动报酬的一部分（《关于工资总额组成的规定》第四条），若规章制度未明确约定“严重违规可扣除全部年终奖”，公司无权全额扣减。

2. 若公司无合法依据或程序违法，则完全不合法

   • 无制度依据：若公司未制定相关规章制度，或制度未经过民主程序、未公示，直接罚款缺乏法律依据，员工可主张返还。
     
   • 罚款理由不成立：若员工行为未达到“严重违反规章制度”的程度（如轻微迟到、工作失误未造成损失），公司不得罚款。
     
   • 超额罚款：即使员工违规，罚款金额超过当月工资20%的部分也违法，员工可要求补足差额。
     
   • 扣除全部年终奖：年终奖通常与员工年度工作表现、公司效益挂钩，若公司无明确约定“违规可扣全部年终奖”，单方扣除可能构成克扣工资，员工可申请劳动仲裁要求支付。

建议行动：

• 核查公司规章制度是否合法有效（是否经民主程序、是否公示）；
  
• 确认罚款理由是否与制度条款匹配，罚款金额是否合理；
  
• 若公司行为违法，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款及赔偿。
  

如有进一步细节（如规章制度内容、罚款具体理由等），可直接向我咨询，我会结合具体情况分析。