公司严重违章操作发生工伤事故，应按照以下步骤处理，核心在于保障员工权益、明确责任归属并依法追责：

1. 立即救治与事故报告

   • 优先救治伤者：公司需第一时间将受伤员工送医，并垫付医疗费用（即使未参保工伤保险，公司仍需承担全部费用）。
     
   • 24小时内上报：公司必须在24小时内向当地应急管理部门（原安监局）和社保部门报告事故，隐瞒不报将面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。
     
   • 内部启动调查：成立事故调查组，固定现场证据（如监控、操作记录、设备状态），为后续责任认定提供依据。

2. 工伤认定与待遇申请

   • 公司申请工伤认定：自事故发生之日起30日内，公司需向社保部门提交《工伤认定申请表》、劳动关系证明、医疗诊断证明等材料。若公司未申请，员工或其家属可在1年内自行申请。
     
   • 待遇支付：经认定为工伤后，员工可享受医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。若公司未参保，所有费用由公司全额承担；若参保，社保基金支付大部分，公司需补足差额（如停工留薪期工资）。

3. 违章操作的责任划分

   • 公司行政责任：若违章操作违反《安全生产法》或行业规范（如未提供防护设备、未培训员工），应急管理部门可对公司处以罚款（最高2000万元）、责令停产整顿，甚至吊销许可证。
     
   • 公司刑事责任：若违章操作导致“重大伤亡事故”（如死亡1人或重伤3人以上），直接责任人（如操作员、安全主管）可能涉嫌“重大责任事故罪”，处3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
     
   • 员工过错责任：若员工故意违章（如酒后操作、违反禁令），公司可减轻赔偿责任，但需举证员工存在重大过失（如明知风险仍操作）。

4. 后续处理建议

   • 协商与调解：公司可与员工或家属协商赔偿方案，或通过劳动仲裁委、工会调解，避免诉讼耗时。
     
   • 诉讼风险：若协商不成，员工可能提起劳动仲裁或民事诉讼，要求公司支付工伤待遇及额外赔偿（如精神损害抚慰金）。公司需准备证据证明已履行安全义务，否则可能败诉。
     
   • 整改与预防：公司需全面排查安全隐患，修订操作规程，加强员工培训，避免同类事故再次发生。

关键提醒：公司严重违章操作不仅是法律问题，更是管理责任问题。建议公司主动配合调查、积极赔偿，同时完善安全制度，否则可能面临“行政处罚+刑事追责+民事赔偿”三重风险。若有具体案件细节（如事故原因、员工伤情），可进一步向我咨询，我会结合案例为您分析责任比例和应对策略。