结论：在人事合同与分公司签署，但实际工资由总公司支付的情况下，劳动关系的认定需结合具体情况分析，一般倾向于认定与分公司存在劳动关系，但也可能因实际履行情况而有所不同。
劳动关系认定的基本原则
在劳动关系认定中，通常遵循“实际履行”原则，即根据劳动合同的实际履行情况来确定劳动关系。这包括但不限于工资支付、工作安排、管理监督等方面。虽然人事合同是与分公司签署的，但如果实际工资由总公司支付，这并不直接决定劳动关系的归属，而是需要综合考虑其他因素。
倾向于认定与分公司存在劳动关系的情形
合同签署与工作安排：
- 如果人事合同是与分公司签署的，且分公司负责工作安排、管理监督等日常劳动管理事务，那么即使工资由总公司支付，也倾向于认定劳动者与分公司之间存在劳动关系。
分公司具有独立法人资格：
- 如果分公司具有独立的法人资格，能够独立承担民事责任，那么劳动者与分公司签署的劳动合同通常会被视为有效，劳动关系也相应地归属于分公司。
可能认定与总公司存在劳动关系的情形
实际履行情况：
- 如果在实际履行过程中，总公司不仅支付工资，还负责工作安排、管理监督等所有劳动管理事务，而分公司仅作为名义上的签约方，不参与实际劳动管理，那么在这种情况下，可能会认定劳动者与总公司之间存在劳动关系。
合同内容与实际履行不符：
- 如果人事合同中明确约定了由分公司负责劳动管理，但实际履行中总公司却全面介入，且劳动者也主要接受总公司的管理，那么这种合同内容与实际履行不符的情况，也可能导致劳动关系认定的变化。
法律建议与风险提示
明确合同条款：
- 在签署劳动合同时，应明确约定劳动关系的归属、工资支付方式、工作安排等关键条款，以避免后续争议。
保留证据：
- 劳动者应保留好与工作相关的所有证据，如工资条、工作安排通知、管理监督记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
及时咨询：
- 如果对劳动关系的认定存在疑问或争议，应及时向专业律师咨询，以便得到准确的法律意见和帮助。
总结：在人事合同与分公司签署，但实际工资由总公司支付的情况下，劳动关系的认定需结合具体情况分析。为了明确劳动关系并避免后续争议，建议在签署劳动合同时明确约定关键条款，并保留好与工作相关的所有证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。