关于您提出的“劳动合同签的总公司，社保缴纳在分公司是否合法”的问题，这是一个涉及劳动关系与社保缴纳主体一致性的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律层面的分析

1. 分公司主体资格：

   • 根据相关法律法规，分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立法人资格，但其民事责任由总公司承担。若分公司依法取得营业执照或登记证书，它可以在总公司的授权下，作为用人单位的一部分参与社保缴纳等事务。

2. 社保缴纳的法律规定：

   • 《社会保险法》等相关法律法规并未明确禁止用人单位通过其分公司缴纳社会保险。关键在于，这种缴纳方式必须基于总公司的安排，并且确保操作的合法合规性。
   • 《劳动合同法》强调用人单位应自用工之日起三十日内为职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，这适用于总公司及其分支机构。

3. 劳动关系认定：

   • 员工与总公司存在真实的劳动关系是核心。这可以通过劳动合同、总公司内部文件或员工确认书等方式来证明。只要能够证明这一点，且分公司缴纳社保是基于总公司的安排，那么在劳动关系认定和社保缴纳合规性上一般会被认可。

二、实际操作中的考量

1. 员工同意与告知：

   • 必须获得员工的明确同意，因为这涉及到员工个人社保权益的实现方式。建议在劳动合同中明确约定社保缴纳主体，或者让员工签署关于社保缴纳方式的确认书。

2. 社保管理政策：

   • 不同地区的社保管理政策和规定存在差异。因此，在操作前，应向当地社保部门咨询了解具体政策，确保操作符合当地规定。

3. 财务与管理规范：

   • 总公司应做好资金安排和账目处理，确保分公司缴纳社保的资金来源清晰、合规。同时，内部管理上应有完善的流程和记录，以应对可能的审计或检查。

三、潜在风险及应对措施

1. 劳动纠纷风险：

   • 若员工以社保缴纳主体与劳动合同签订主体不一致为由主张未依法缴纳社保，企业可能面临法律风险。为降低这种风险，除了获得员工同意外，还应保留好相关证据，如劳动合同、员工确认书、社保缴纳凭证等。

2. 社保部门处罚风险：

   • 如果当地社保部门认为缴纳方式不符合规定，可能会对企业进行处罚。因此，应积极与社保部门沟通，争取得到认可，若存在问题及时按照要求整改。

四、结论

综上所述，在符合一定条件和规范操作的前提下，劳动合同签的总公司，社保缴纳在分公司是合法的。但企业必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保操作的合法合规性，并采取相应的措施来降低潜在的法律风险。这包括获得员工的明确同意、了解并遵守当地社保管理政策、做好财务与管理规范等。