仲裁协议中约定的仲裁机构根本不存在的，仲裁协议无效，这一结论主要基于以下法律依据和分析：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国仲裁法》第十八条：仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。这一条款直接规定了当仲裁协议中约定的仲裁机构不明确或不存在时，仲裁协议将因无法执行而无效。
   • 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第三条：虽然该条款主要针对的是仲裁机构名称不准确但能够确定具体仲裁机构的情况，但反向理解也支持了当仲裁机构确实不存在时，应视为双方未达成有效的仲裁协议的观点。

2. 分析说明：

   • 仲裁协议的有效性要求：仲裁协议作为双方约定将争议提交仲裁解决的书面文件，必须明确、具体且可执行。其中，指定一个实际存在的仲裁机构是仲裁协议有效性的基本要求之一。
   • 机构不存在的后果：当仲裁协议中约定的仲裁机构根本不存在时，该协议因缺乏可执行性而自始无效。这意味着双方无法依据该仲裁协议向任何仲裁机构申请仲裁，因为不存在这样的机构来受理和裁决争议。
   • 实务处理：在实务中，如果双方发现仲裁协议中约定的仲裁机构不存在，应及时协商补充协议或重新签订仲裁协议，以指定一个实际存在的仲裁机构。如果无法达成一致，则任何一方均有权向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。

3. 示例说明：

   • 假设甲、乙双方在合同中约定：“如发生争议，提交至‘XX仲裁委员会’进行仲裁。”但后续发现“XX仲裁委员会”并不存在。在此情况下，由于无法确定具体的仲裁机构，该仲裁协议将因无法执行而无效。双方应协商补充协议或重新签订仲裁协议，或选择通过诉讼方式解决争议。

总结与建议：

• 总结：仲裁协议中约定的仲裁机构根本不存在的，仲裁协议无效。这是基于《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释的规定，以及仲裁协议有效性要求的基本原则得出的结论。
• 建议：在签订仲裁协议时，双方应仔细审查并明确约定具体的仲裁机构名称及仲裁规则，避免模糊表述或约定不存在的机构。如果发现仲裁协议存在瑕疵或无效情形，应及时协商补充协议或重新签订仲裁协议，以确保争议能够得到有效解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。