在公司股东会决议变更法定代表人但未及时办理变更登记的情况下，若公司被起诉，原则上应由变更后的法定代表人代表公司应诉。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与原则
法定代表人变更的效力：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司股东会决议变更法定代表人是公司内部治理行为，一旦决议作出并符合法定程序，即对公司内部产生约束力。
- 法定代表人变更后，新任法定代表人即取得代表公司行使职权的资格。
工商变更登记的性质：
- 工商变更登记是公司对外公示其法定代表人变更的方式，具有对抗第三人的效力。
- 未及时办理工商变更登记，不影响公司内部法定代表人变更的效力，但可能影响公司对外交易的相对方对法定代表人身份的认知。
二、具体情境下的代表权
对内效力：
- 在公司内部，股东会决议变更法定代表人后，新任法定代表人即有权代表公司处理公司事务，包括应诉。
- 原法定代表人自决议作出之日起，即丧失代表公司行使职权的资格，除非公司章程或股东会决议另有规定。
对外效力：
- 在对外关系中，如公司被起诉，原则上应由新任法定代表人代表公司应诉。
- 若因未及时办理工商变更登记，导致外部相对方对法定代表人身份产生合理怀疑，公司可能需要通过其他方式（如提供股东会决议、公司章程等）证明新任法定代表人的身份和代表权。
三、特殊情况下的处理
原法定代表人拒不交出公司证照等：
- 若原法定代表人拒不交出公司证照、公章等，导致新任法定代表人无法正常行使职权，公司可以通过内部程序（如召开股东会、董事会等）形成决议，要求原法定代表人交出相关物品。
- 若原法定代表人仍拒不交出，公司可以向法院提起诉讼，要求原法定代表人返还公司证照、公章等，并确认新任法定代表人的身份和代表权。
外部相对方坚持要求原法定代表人应诉：
- 若外部相对方因不知情或出于其他原因，坚持要求原法定代表人应诉，公司可以向法院说明情况，并提供相关证据证明新任法定代表人的身份和代表权。
- 法院在查明事实后，通常会认可新任法定代表人的代表权，并允许其代表公司应诉。
四、法律建议
及时办理工商变更登记：
- 为避免不必要的纠纷和麻烦，公司应在股东会决议变更法定代表人后，及时办理工商变更登记手续，确保公司对外公示信息的准确性。
完善公司内部治理机制：
- 公司应完善内部治理机制，明确法定代表人变更的程序和要求，确保变更过程的合法性和有效性。
- 同时，公司应建立健全的证照、公章管理制度，防止因管理不善导致相关物品被滥用或丢失。
积极应对诉讼：
- 若公司被起诉，新任法定代表人应积极应对诉讼，及时收集、整理相关证据材料，维护公司的合法权益。
- 若遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师，以获取更全面、准确的法律意见和建议。
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