结论：股东会决议变更法定代表人但未备案时，谁有权代表公司应诉需分情况讨论，一般而言，涉及公司以外的第三人因公司代表权产生争议的，以工商登记为准；对公司与股东之间因变更法定代表人任免产生内部争议的，则以有效股东决议为准。

具体分析：

1. 涉及公司外部争议时：

   • 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十条，法人的法定代表人以依法登记的为准，但法律另有规定的除外。这意味着，在涉及公司以外的第三人时，工商登记的法定代表人具有公示效力，是公司对外意思表示的主要代表。
   • 实践应用：若公司股东会已决议变更法定代表人，但未完成工商登记变更，此时若涉及与公司外部第三人的争议，如合同纠纷、侵权纠纷等，原则上仍应以工商登记的法定代表人为准进行诉讼。这是因为工商登记具有公示公信力，第三人基于对工商登记的信赖而与公司进行交易，其权益应得到保护。

2. 涉及公司内部争议时：

   • 法律依据：同样根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十条，但对于公司与股东之间因变更法定代表人任免产生的内部争议，则应以有效的股东会任免决议为准。这是因为股东会是公司的最高权力机构，其决议对公司内部具有约束力。
   • 实践应用：若公司股东会已决议变更法定代表人，且该决议有效，但未完成工商登记变更，此时若涉及公司内部争议，如股东之间的纠纷、公司治理结构调整等，应以股东会决议为准确定公司的法定代表人。在此情况下，变更后的法定代表人虽未完成工商登记，但其在公司内部已取得合法地位，有权代表公司进行诉讼。

3. 特殊情况下的处理：

   • 原法定代表人诉讼行为效力：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十一条，在诉讼中，法人的法定代表人变更的，由新的法定代表人继续进行诉讼，并应向人民法院提交新的法定代表人身份证明书。原法定代表人进行的诉讼行为有效。这意味着，即使法定代表人已变更但未完成工商登记，原法定代表人在变更前进行的诉讼行为仍然有效。
   • 及时变更与公示：为避免因法定代表人变更未备案而引发的法律纠纷，公司应及时完成工商登记变更手续，并在必要时进行登报公示，以维护公司交易的稳定性和安全性。

建议与后果：

• 建议：公司应重视法定代表人的变更登记工作，确保在股东会决议变更法定代表人后及时完成工商登记变更手续。同时，对于涉及公司外部的重要交易或诉讼，应提前核实工商登记信息，避免因信息不对称而引发的法律风险。
• 后果：若公司未及时完成法定代表人变更登记手续，可能导致在涉及公司外部争议时无法有效维护自身权益；同时，也可能在公司内部引发治理结构混乱和股东纠纷等问题。因此，公司应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保公司治理的规范性和有效性。

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