结论前置：若在撤销股东会决议的诉讼中未同时要求公司变更登记，后续可通过另行提起行政诉讼或直接要求公司履行变更义务、申请强制执行等途径解决。以下是具体分析：

1. 另行提起行政诉讼（针对工商登记部门）
   若股东会决议被撤销后，公司未主动向工商登记部门申请变更登记，股东可单独以工商登记部门为被告，提起行政诉讼，要求其履行法定职责，撤销基于被撤销决议所做的工商变更登记（如有），或责令公司重新提交合法决议进行变更。
   法律依据：根据《公司登记管理条例》第40条，公司变更登记事项应自决议作出之日起30日内申请变更登记。工商部门未依法履职的，股东有权通过行政诉讼督促其纠正。

2. 直接要求公司履行变更义务
   股东可先向公司发出书面催告函，要求其限期办理变更登记（如修改公司章程、股东名册等内部登记）。若公司拒不履行，股东可依据《公司法》第20条（股东滥用权利责任）或第182条（公司僵局解散，极端情况下），以公司为被告提起民事诉讼，要求其履行法定义务。
   注意：若决议撤销仅涉及部分事项（如未涉及股权变更），则公司仅需对受影响部分进行变更，无需全面调整。

3. 申请强制执行（若已有生效判决）
   若此前撤销股东会决议的判决已明确要求公司变更登记，但公司未履行，股东可依据《民事诉讼法》第243条，向法院申请强制执行，由法院直接向工商登记部门发送协助执行通知书，强制完成变更。
   操作要点：需在判决生效后2年内申请执行，并提供公司拒不履行的证据（如催告记录、工商登记未变更的证明等）。

4. 内部治理途径补充
   若公司拒不配合，股东还可通过召开临时股东会，重新作出合法决议替代被撤销决议，并以此为基础要求公司办理变更。此途径需符合《公司法》及公司章程关于召集程序的规定（如持股比例、通知期限等）。

风险提示：若未及时处理变更登记，可能导致公司对外交易效力争议（如第三人基于错误登记产生信赖利益），股东可能需对公司债务承担补充赔偿责任。建议优先通过协商或诉讼明确公司义务，避免扩大损失。

如有进一步细节（如决议内容、公司类型、是否涉及股权转让等），可继续向我说明，以便提供更精准的建议。