在股东起诉撤销公司股东会决议的案件中，被告通常是公司本身。以下是对此问题的详细分析：
一、被告确定的基本原则
在撤销股东会决议的诉讼中，被告的确定需基于决议的具体内容及法律性质。一般来说，由于股东会决议是由公司股东会作出的，其法律效力归属于公司，因此公司通常是此类诉讼的被告。
二、不同情况下的被告确定
仅撤销决议本身：
- 若股东会决议的撤销之诉主要旨在撤销决议本身，即该决议的作出存在程序违法或内容违反公司章程等情形，那么被告通常是公司本身。
同时追究特定主体责任：
- 若撤销决议的同时还涉及到对公司董事、监事或高级管理人员等特定主体的责任追究，这些人员也可能成为共同被告。例如，如果决议的违法或瑕疵是由于董事、监事或高级管理人员的过错导致的，那么他们可能需要与公司一起承担责任。
三、法律依据
根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定(四)》的相关规定，原告请求确认股东会或者股东大会、董事会决议不成立、无效或者撤销决议的案件，应当列公司为被告。对决议涉及的其他利害关系人，可以依法列为第三人。这一规定明确了在撤销股东会决议的诉讼中，公司作为被告的法律地位。
四、实务建议
明确诉讼请求：
- 股东在提起撤销股东会决议的诉讼时，应明确指出要撤销特定的股东会决议，并详细阐述决议存在的违法之处或者瑕疵情况。
收集充分证据：
- 股东应认真收集各类证据，以证明股东会决议是违法的或者存在瑕疵。这些证据可能包括会议通知瑕疵、表决程序违规等方面的证据。
准确确定被告：
- 根据决议的具体内容和法律性质，准确确定被告。一般来说，被告是公司本身，但如果涉及追究特定主体的责任，他们也可能成为共同被告。
及时提起诉讼：
- 股东应在决议作出之日起六十日内向有管辖权的法院提起撤销股东会决议的诉讼，并按照诉讼的流程去办理立案等相关的手续。
积极参与庭审：
- 在诉讼过程中，股东应积极参与庭审，依据收集到的证据和相关法律规定进行辩论，把撤销决议的理由和依据详细地阐述清楚。
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