在起诉股东会决议无效的案件中，被告通常是公司本身。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与起诉主体
根据《中华人民共和国公司法》第二十二条的规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容若违反法律、行政法规，则无效。在此类诉讼中，提起诉讼的主体通常是认为决议无效的公司股东。同时，虽然直接被告是公司，但与公司决议有利害关系的董事、监事等主体，在符合法定条件下也可能被卷入诉讼，作为共同被告或第三人，这取决于具体案情和法院的判断。不过，在大多数情况下，主要被告还是公司。
二、决议无效的具体情形
违反法律法规：股东会决议若直接与现行法律、行政法规相抵触，如非法解除股东资格、变更股东出资额和持股比例、侵犯股东法定权利或损害公司及债权人利益等，均属无效决议。在此情况下，股东有权起诉公司，请求确认该决议无效。
侵害未通知或持反对意见股东的权益：若决议内容侵犯了未收到通知或持反对意见的股东的合法权益，这类决议同样应被认定为无效。股东同样可以起诉公司，维护自身权益。
其他无效情形：参照《中华人民共和国民法典》的相关规定，如由无民事行为能力人实施、行为人与相对人以虚假意思表示实施、违反公序良俗以及行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益等情形下的民事法律行为均无效。这些规定同样适用于判断股东会决议的效力。若股东会决议存在这些情形，股东也有权起诉公司。
三、诉讼要点与证据提供
证明决议违法：股东需明确指出决议具体违反了哪部法律、哪条行政法规的规定，并阐述违法事实与法律规定之间的关联。这是起诉的关键，也是法院判断决议是否无效的重要依据。
提供证据支持：为支持主张，股东应提供充分的证据，包括但不限于股东会会议记录、决议文本、相关法律法规条文及能证明决议违法的其他材料。这些证据将有助于法院查明事实，作出公正判决。
诉讼时效问题：虽然《公司法》对确认股东大会决议无效之诉未明确规定诉讼时效，但一般认为此类诉讼不受时效限制，因无效的决议自始无效。不过，为了尽快维护自身权益，股东还是应尽早提起诉讼。
四、判决后果与补救措施
一旦法院判决股东会决议无效，该决议即失去法律效力。公司基于该无效决议所实施的一切行为，如股权变更、资产处置等，均需依法进行纠正或采取其他补救措施，以恢复到决议作出前的法律状态。若公司已根据无效决议办理了变更登记，应在宣告决议无效后及时向公司登记机关申请撤销变更登记。
五、实践建议
及时咨询专业律师：在发现股东会决议存在无效情形时，股东应及时咨询专业律师，了解自身权益和诉讼风险，制定合适的诉讼策略。
充分准备证据材料：股东应充分准备证据材料，确保能够证明决议的违法性和自身权益的受损情况。这将有助于法院查明事实，作出公正判决。
关注公司动态：在诉讼过程中，股东应关注公司的动态和决议的执行情况，及时采取措施防止损失扩大。
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