结论：合同中同时约定综合工时制和包薪制并不必然冲突，但需满足特定条件；加班费的计算需结合两种制度的本质特征及具体约定综合判断，具体分析如下：
一、综合工时制与包薪制的本质及冲突可能性
- 综合工时制：指企业因工作情况特殊，需安排员工集中工作、集中休息，以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日/周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。其核心是“周期内总工时控制”，超出部分需支付加班费（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）。
- 包薪制：指企业与员工约定一定期限内（如月、年）支付固定薪酬，该薪酬包含正常工作时间工资及加班费等所有报酬。其核心是“薪酬总额包干”，但需满足“固定薪酬不低于当地最低工资标准”及“明确约定加班费已包含在内”两个条件。
- 冲突可能性：若包薪制未明确约定加班费包含范围，或固定薪酬低于最低工资标准，则与综合工时制下“超出部分需支付加班费”的强制性规定冲突；若约定合法且明确，则不冲突。
二、加班费的计算规则
合法包薪制下的计算：
- 条件：合同明确约定“固定薪酬包含正常工作时间工资及加班费”，且固定薪酬÷法定标准工时数（如21.75天×8小时）≥当地最低工资标准。
- 计算：无需额外支付加班费，但需保留考勤记录证明实际工时未超出综合工时周期内的法定上限（如月综合工时166.64小时）。若超出，超出部分仍需按综合工时制标准补足差额。
- 示例：员工月固定薪酬8000元，当地最低工资22元/小时，月法定标准工时176小时（22×8×10）。若月实际工时180小时（未超综合工时上限166.64小时的季度平均值），则无需额外支付加班费；若季度总工时超出500小时（季度上限500小时），则超出部分需补足差额。
违法包薪制下的计算：
- 情形：合同未明确约定加班费包含范围，或固定薪酬低于最低工资标准。
- 计算：包薪制无效，企业需按实际工时重新核算加班费。即：正常工作时间工资按最低工资标准计算，超出部分按综合工时制标准（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）支付加班费。
- 示例：员工月固定薪酬5000元，当地最低工资22元/小时，月实际工时200小时。则正常工作时间工资为3872元（22×8×22），超出部分112小时中，工作日加班按1.5倍（22×1.5=33元/小时）、休息日加班按2倍（44元/小时）计算，法定节假日按3倍（66元/小时）计算。
三、实务建议
- 对员工：签订合同时要求企业明确包薪制是否包含加班费及计算方式，保留考勤记录及工资条作为证据；若发现固定薪酬低于最低工资标准，可主张包薪制无效并要求补足差额。
- 对企业：在合同中清晰约定包薪制的构成（如“月固定薪酬8000元，包含正常工作时间工资5000元及加班费3000元”），并确保固定薪酬不低于最低工资标准；同时建立完善的考勤制度，避免因工时记录缺失引发纠纷。
若您有具体合同条款或工时数据需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您详细计算加班费及风险点。