在综合工时制下，加班后能否补休取决于加班的类型。具体来说：
休息日加班：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位依法安排劳动者在休息日工作的，可以安排补休。如果不能安排补休，则需要支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 在综合工时制下，由于工作时间是在一定周期内综合计算的，因此休息日加班可以通过补休来避免支付加班费，但前提是补休的安排必须合理且符合双方协商一致的原则。
延长工作时间：
- 延长工作时间指的是超出每日8小时或每周40小时的工作时间（在综合工时制下，这一标准可能因周期不同而有所调整，但每日延长的工作时间仍需单独计算）。
- 对于这种情况，用人单位应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。延长工作时间加班不能通过补休来替代，必须支付加班费。
法定节假日加班：
- 法定节假日具有特殊的纪念意义和保障劳动者权益的考量。
- 用人单位安排劳动者在法定节假日工作的，必须按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。法定节假日加班也不能通过补休来替代。
实际操作建议
- 企业规定：用人单位应当在规章制度中明确规定综合工时制下加班补休的具体操作流程，包括补休的申请、审批程序等，确保管理有章可循，避免日后产生纠纷。
- 协商一致：安排补休时，用人单位应与劳动者协商一致。如果劳动者不愿意补休而要求支付加班费，用人单位应当按照法律规定支付相应费用。
- 加班时长限制：虽然综合工时制下加班时长不受每日最多3小时的限制（但需注意，这里的“不受限制”是指在一个综合计算周期内，而非单日），但每月平均加班时间不得超过36小时，这是为了保障劳动者的身体健康和工作生活平衡。
- 劳动者权益保障：用人单位在安排加班时，应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如果用人单位违反规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
可能的法律后果
- 如果用人单位未按照法律规定支付加班费或安排补休，劳动者有权要求用人单位支付加班费及相应的经济补偿。
- 在严重情况下，用人单位还可能面临劳动行政部门的警告、责令改正以及罚款等处罚。
综上所述，在综合工时制下，加班后能否补休需根据加班类型来确定。休息日加班可以安排补休，但延长工作时间和法定节假日加班则必须支付加班费。 用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。同时，劳动者也应了解自身权益，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。