员工加班补休时间可以由公司安排，但需根据加班的具体情形来决定。以下是详细分析：

1. 平时工作日加班：

   • 公司不能单纯以补休来补偿，而应按照法律规定支付不低于工资的150%的加班费。日常加班已经直接影响了劳动者的正常休息时间，且法律对此有明确的支付要求。

2. 休息日加班：

   • 公司有权选择首先安排补休，补休时间应与加班时间等量。若公司无法安排补休，则需支付不低于工资的200%的加班费。这一规定体现了对劳动者休息权的尊重，并赋予了公司一定的灵活性。

3. 法定休假日加班：

   • 公司必须支付不低于工资的300%的加班费，不能以补休替代。法定休假日对于劳动者具有特殊意义，是法律强制保护的休息时间。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定了加班费的支付标准。
• 《工资支付暂行规定（1994年版）》第十三条进一步细化了加班费的支付规定。

注意事项：

• 补休的决定权在企业，员工没有选择权。企业应根据实际情况合理安排补休，确保员工的合法权益得到保障。
• 劳动者在遭遇未按规定支付加班费或强制加班等情况时，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

综上所述，公司在处理员工加班补偿问题时，应严格遵循相关法律法规，根据加班的具体情形合理选择补偿方式，确保员工的合法权益得到充分保障。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。