结论：医疗期内单位扣工时是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，医疗期内员工享有病假工资，单位不应随意扣除工时或工资，但需满足一定条件。以下从不同角度详细分析：

1. 医疗期的定义与性质

医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，用人单位不得解除劳动合同的时限。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3-24个月。医疗期内，员工享有病假工资或疾病救济费，且用人单位不得随意解除劳动合同。

2. 医疗期内工资支付标准

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。因此，医疗期内单位应支付病假工资，而非扣除工时或工资。

3. 单位扣工时的合法性分析

• 若单位以“未提供劳动”为由扣除工时：医疗期内员工因病无法工作，属于法定休息期间，单位不得以“未提供劳动”为由扣除工时或工资。否则，可能构成违法克扣工资。
• 若单位以“绩效不达标”为由扣除工时：医疗期内员工不参与绩效考核，单位不得以绩效不达标为由扣除工时或工资。否则，同样构成违法。
• 若单位与员工协商一致调整工时：在医疗期内，若员工自愿与单位协商调整工时（如部分时间工作、部分时间休息），且单位支付相应工资，则可能合法。但需注意，协商必须基于双方自愿，且不得违反最低工资标准。

4. 员工权益保护建议

• 保留证据：员工应保留医疗证明、病假条、工资条等证据，以证明医疗期及工资支付情况。
• 与单位沟通：若单位扣工时或工资，员工可先与单位沟通，要求按照法律规定支付病假工资。
• 申请劳动仲裁：若沟通无果，员工可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付违法扣除的工资及经济补偿。

5. 特殊情况说明

• 医疗期满后：若医疗期满后员工仍不能从事原工作或另行安排的工作，单位可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿。此时，单位不再承担支付病假工资的义务。
• 单位规章制度冲突：若单位规章制度与法律规定冲突（如规定医疗期内扣工时），则规章制度无效，单位仍需按照法律规定支付病假工资。

总结：医疗期内单位扣工时一般不合法，员工应保留证据、与单位沟通，必要时申请劳动仲裁维护权益。若您有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情况为您详细解答。