当遇到劳动纠纷且公司存在违法行为时，作为员工或相关方，你可以按照以下步骤来处理，以确保自身权益得到维护：

一、了解公司违法行为的具体情况

首先，你需要明确公司具体存在哪些违法行为。这可能包括但不限于：未签订书面劳动合同、拖欠工资、未缴纳社会保险、违法解除劳动合同等。了解这些具体情况后，你可以更有针对性地采取后续措施。

二、收集并保留相关证据

在处理劳动纠纷时，证据是至关重要的。你需要收集并保留与公司违法行为相关的所有证据，如工资条、考勤记录、工作邮件、聊天记录、劳动合同（如有）等。这些证据将有助于你在后续的协商、调解或诉讼中证明自己的主张。

三、尝试与公司内部协商解决

在掌握足够证据后，你可以尝试与公司进行协商，表达你的诉求和期望的解决方案。在协商过程中，保持冷静和理性，明确表达你的立场和依据，同时倾听公司的解释和意见。如果双方能够达成一致，可以签订书面协议以明确权利义务。

四、寻求第三方调解

如果内部协商无果，你可以考虑寻求第三方调解。这可以包括企业劳动争议调解委员会、基层人民调解组织等。这些机构通常具有中立性和专业性，能够帮助双方更客观地看待问题，并寻求合理的解决方案。

五、申请劳动仲裁

如果调解仍然无法解决问题，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，你需要提交相关证据材料，并按时参加庭审。在庭审过程中，积极答辩举证，遵守仲裁程序，等待仲裁裁决。

六、提起诉讼

如果你对仲裁裁决不服，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要按照法院的要求进行诉讼活动，提供充分证据支持自己的主张，并履行法院的判决。

七、注意事项

1. 合法合规：在整个处理过程中，你必须确保自己的行为符合法律规定，避免采取过激或违法的手段。
2. 保留证据：如前所述，证据是处理劳动纠纷的关键。因此，你需要时刻注意保留相关证据，以备不时之需。
3. 寻求专业法律支持：如果你对法律程序或相关法律法规不熟悉，建议及时寻求专业律师或法律顾问的帮助。他们可以提供专业的法律意见和指导，帮助你更好地维护自己的权益。

综上所述，当遇到劳动纠纷且公司存在违法行为时，你应该通过了解情况、收集证据、协商解决、寻求调解、申请仲裁和提起诉讼等步骤来维护自己的权益。同时，注意合法合规、保留证据和寻求专业法律支持也是至关重要的。