在建设工程合同中约定以政府审计为准，这一条款的合法性及效力需从多个角度进行综合分析：

1. 法律规定与合同约定的关系

   • 法律规定：根据相关法律法规，政府审计机关确实对政府投资和以政府投资为主的建设项目具有审计监督权。但这并不意味着合同中“以政府审计为准”的约定必然具有法律效力。
   • 合同约定：最高人民法院的相关司法解释及司法实践表明，若合同中明确约定以政府审计结果作为结算依据，则该约定对双方具有约束力。这意味着，只要合同条款清晰、明确，且双方自愿达成，该约定就是合法的。
   • 无明确约定的情况：若合同中无此明确约定，仅以存在政府审计为由要求按审计结果结算，一般不予支持。因此，合同中的明确约定是关键。

2. 合同条款的合法性审查

   • 条款内容：需仔细审查合同条款，确认是否存在“以政府审计为准”的约定，以及约定的具体内容和清晰度。条款应明确审计的范围、时间、方式等关键要素。
   • 无效或可撤销情形：检查合同条款是否存在无效或可撤销的情形，如欺诈、胁迫、显失公平等。若存在这些情形，该条款可能被认定无效。
   • 违反法律法规：若条款违反法律法规的强制性规定，如限制了当事人的合法权利或增加了不合理的义务，也可能被认定无效。

3. 审计程序的合法性审查

   • 审计主体资格：确认进行审计的政府审计机关是否具备相应的审计权限和资质。不同级别的政府审计机关负责不同范围和规模的建设项目审计，需确保其符合法定职责要求。
   • 审计程序合规性：审查审计程序是否符合法律规定和合同约定，包括审计通知书的送达、被审计单位的陈述申辩权利保障等。若审计程序违规，可能影响审计结果的合法性和公正性。
   • 审计依据充分性：审计应基于完整、真实、合法的工程资料，如施工图纸、工程变更记录等。若审计所依据的资料存在问题，如虚假、缺失或未经双方认可，则审计结果可能不准确。

4. 应对审计结论的异议

   • 及时提出异议：一旦发现审计结果有问题或不符合合同约定，应立即向审计机关或相关部门提出书面异议。异议内容应详细说明审计结果的错误、不合理之处及依据，并保存好提出异议的相关证据。
   • 申请重新审计或补充审计：若有充分证据证明审计结果不公正、不准确，当事人可依法申请重新审计或补充审计。申请时需明确说明理由和要求，并按规定程序提交申请材料。
   • 寻求专业支持：可聘请专业的工程造价咨询机构或专家对审计结果进行评估和分析，提供专业意见作为主张权利的依据。

法律建议：

• 在签订建设工程合同时，若双方希望以政府审计结果作为结算依据，应在合同中明确约定，并详细规定审计的范围、时间、方式等关键要素。
• 在审计过程中，应密切关注审计程序的合法性和审计依据的充分性，确保审计结果的公正性和准确性。
• 若对审计结果有异议，应及时提出并寻求合理解决途径，如协商、调解、仲裁或诉讼。在处理此类纠纷时，可向我咨询以获取更具体的法律建议和支持。